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高斯计算mulinkin电荷
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Sample Text背景介绍：小弟是做分子动力学模拟的，对于量化软件所知甚少，在模拟过程编写FIELD文件过程中需要一些有机物如苯酚，CV等物质的mulinkin电荷数据，从而需要用到量化计算。 Sample Text1 先进chemoffice软件画出结构图，将2D3D，在3D将分子优化(优化步骤：按住CTRL+A选中分子，点击Structure-clean up,然后选择CalculationsMM2---Minimize Energy-Run就OK.)保存到F盘 文件名要改为英文格式 保存类型 Protein Date Bank (*.pdb) 2点击Gaussview-File-open选择要打开的文件 文件类型: Brookhaven PDB File(*.pdb*.ent) Open as: Auto 3保存save ， 文件名后缀删除（pdb）----YES Gaussian input files (*.gjf*.com) 4 回F盘--Gaussia点击GJF文件（1将文件里后面的数字删除;2文件前面的基组改为%chk=xxx.chk (xxx为前面chemoffice里面系统默认的文件名，此行一般不需要改。) %mem=60MW %nproc=1 # b3lyp/6-311+g(d,p) opt freq 5 点击Gaussia File-open-F---gif(文件)-“运行”就可以了 6 运行计算完毕后，回F盘点击OUT文件，按鼠标右键选择打开方式“记事本”打开 就可以看到输出结构 7在输出结构里面找优化以后的数值即可 在文件里输入单词“stationary”就可以找到优化完的地方。上面显示“Optimization completed.” 下面就是想要的数值 Alpha occ. eigenvalues -- 最后一个数值就是最高占有轨道能 Alpha virt. eigenvalues - 里面第一个数值就是最低未占有轨道能 Mulliken atomic charges:----就是原子电荷 Dipole moment-----偶极矩 Frequencies—这个单词的一个数值是正数就说明没虚频。分子结构稳定 这个是从以前毕业了的师姐（师姐也是从别人那得到的）那儿得到的一个计算过程，但是这两天在做的时候老是会运行终止，但是师姐说以前这样算是没有问题的。求虫友帮助指导！ |
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2楼2011-11-25 22:05:21