| 查看: 861 | 回复: 2 | ||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||
cfmzxf84木虫 (正式写手)
|
[求助]
sybyl对接出来的氢键成键和文献报道不同，请帮忙看看
|
|
|
做荧光素和荧光素酶分子对接，但是氢键的成键的氨基酸和文献报道不同。 活性位点也稍有差异，请问要怎么优化分子呢？ 另再请教下luciferase Photinus pyralis的活性位点和氨基酸是如图所示的吗？ 谢谢各位  |
回复此楼» 猜你喜欢
急需调剂
已经有8人回复
-
申博/考博
已经有4人回复
-
化工学硕294分，求导师收留
已经有37人回复
-
求调剂
已经有11人回复
-
260求调剂
已经有4人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有19人回复
-
304求调剂
已经有7人回复
-
求博导｜生物质基多孔碳/超级电容方向，已有相关成果，寻能源材料/碳材料方向老师
已经有3人回复
-
二苯甲酮酸类衍生物
已经有6人回复
-
接受任何调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 优化和性质计算成功，但是分析结果时键结构图看不了，怎么办？
已经有3人回复
- 请教个氢键生成问题
已经有15人回复
- 求2个氨基酸氨基对接的缩合成脲的反应步骤！！急！！
已经有17人回复
- 文献学习：第一性原理计算合成氨反应速率（science,2005）
已经有7人回复
- 【求助】帮忙看看这个反应怎么做，二烯烃与HX加成
已经有6人回复
- 【讨论】关于不同z值处的水能形成氢键数的脚本讨论
已经有4人回复
- 最新离子液合成，发展，前景，附文献，PPT
已经有63人回复
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
cfmzxf84(金币+15): ★★★很有帮助 用的是GOLD，同样的参数设置对接的结果差别蛮大的。结构是PDB下载，GOLD貌似不用赋予电荷。谢谢 2011-12-21 16:38:35
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢多次详细解答。 2011-12-21 18:43:58
cfmzxf84(金币+15): ★★★很有帮助 用的是GOLD，同样的参数设置对接的结果差别蛮大的。结构是PDB下载，GOLD貌似不用赋予电荷。谢谢 2011-12-21 16:38:35
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢多次详细解答。 2011-12-21 18:43:58
|
图在哪里？ redock做出来构象、氢键不一致再正常不过了，但是活性位点有差异确实不应该啊，docking的时候活性位点就应该定义好了的，怎么会出现差异呢？不知道你用的是什么软件做的对接。一般这种情况下建议检查对接配体原子类型、结构是否准确，电荷是否赋予，对接软件的参数设置是否合理，如果配体分子没问题，修改参数再做对接任然无法重现，可以考虑换一种对接软件试试，话说回来，redock有一些微小的地方对接不能重现，也不说明就不对 |
2楼2011-12-21 16:31:13
sfwere
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 20082.3
- 散金: 117
- 红花: 25
- 帖子: 4114
- 在线: 339.8小时
- 虫号: 183871
- 注册: 2006-02-13
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
3楼2011-12-30 11:20:04
