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cfmzxf84木虫 (正式写手)
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[求助]
sybyl对接出来的氢键成键和文献报道不同，请帮忙看看
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做荧光素和荧光素酶分子对接，但是氢键的成键的氨基酸和文献报道不同。 活性位点也稍有差异，请问要怎么优化分子呢？ 另再请教下luciferase Photinus pyralis的活性位点和氨基酸是如图所示的吗？ 谢谢各位  |
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
cfmzxf84(金币+15): ★★★很有帮助 用的是GOLD，同样的参数设置对接的结果差别蛮大的。结构是PDB下载，GOLD貌似不用赋予电荷。谢谢 2011-12-21 16:38:35
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢多次详细解答。 2011-12-21 18:43:58
cfmzxf84(金币+15): ★★★很有帮助 用的是GOLD，同样的参数设置对接的结果差别蛮大的。结构是PDB下载，GOLD貌似不用赋予电荷。谢谢 2011-12-21 16:38:35
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢多次详细解答。 2011-12-21 18:43:58
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图在哪里？ redock做出来构象、氢键不一致再正常不过了，但是活性位点有差异确实不应该啊，docking的时候活性位点就应该定义好了的，怎么会出现差异呢？不知道你用的是什么软件做的对接。一般这种情况下建议检查对接配体原子类型、结构是否准确，电荷是否赋予，对接软件的参数设置是否合理，如果配体分子没问题，修改参数再做对接任然无法重现，可以考虑换一种对接软件试试，话说回来，redock有一些微小的地方对接不能重现，也不说明就不对 |
2楼2011-12-21 16:31:13
sfwere
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 5 (幼儿园)
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- 散金: 117
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- 帖子: 4114
- 在线: 339.8小时
- 虫号: 183871
- 注册: 2006-02-13
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
3楼2011-12-30 11:20:04
