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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 动力学模拟出错
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jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织

[求助] 动力学模拟出错

小弟在做分子动力学模拟时，出现错误，新手，不知道该怎么修改，请指教！

*************************************************************************
*** 21:10:26 ERRORL2 in qs_mo_types:read_mos_restart_low processor 0  ***
*** err=-300 Incorrect number of atoms in restart file. qs_mo_types.F ***
*** line   1607                                                       ***
*************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            8 read_mo_set_from_restart
            7 calculate_first_density_matrix
            6 scf_env_initial_rho_setup
            5 init_scf_run
            4 qs_energies_scf
            3 qs_forces
            2 qs_mol_dyn_low
            1 CP2K
CP2K| Incorrect number of atoms in restart file. qs_mo_types.F line   1607
CP2K| Abnormal program termination, stopped by process number 0
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人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
1楼2011-11-18 22:06:09
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jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织
我好像是在坐标中删除了两行，那是因为我去掉了两个原子，但怎么把它修正过来？求指教！
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人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
2楼2011-11-18 22:08:40
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q1036210267

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-11-19 09:58:18
jianying8996(金币+5): 谢谢！非常感谢！ 2011-11-19 10:22:42
你检查下 力场文件 ， 是不是和你的xyz文件相匹配。
赞一下(1人) 回复此楼
生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`
3楼2011-11-19 08:54:59
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jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织
引用回帖:
3楼: Originally posted by q1036210267 at 2011-11-19 08:54:59:
你检查下 力场文件 ， 是不是和你的xyz文件相匹配。

是于原子个数相对应的一行命令吗？我没有找到！指教！谢谢了！
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人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
4楼2011-11-19 10:24:18
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harbor2010

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-11-21 13:04:26
是不是和你的xyz文件相匹配。
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5楼2011-11-19 10:51:50
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jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织
引用回帖:
5楼: Originally posted by harbor2010 at 2011-11-19 10:51:50:
是不是和你的xyz文件相匹配。

能否具体些？
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人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
6楼2011-11-19 13:09:55
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q1036210267

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 08:38:38
jianying8996: 金币+12, ★★★★★最佳答案 2012-03-25 09:43:40
刚看到你的帖子，你说的意思是 你 删除了 xyz 文件 中的两行内容，对吗？
如果是的话，你xyz原子 总数变了，模拟的盒子中原子排列序号也变了，你需要修改下你的初始的模拟的 体系的文件（也就是xyz文件）
赞一下(1人) 回复此楼
生活中坚持快乐的原则不改变，学习工作中踏实上进！`~`
7楼2012-03-25 08:24:21
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jianying8996

木虫 (著名写手)

科学社会主义人道救援幸福组织
引用回帖:
168951楼: Originally posted by q1036210267 at 2012-03-25 08:24:21:
刚看到你的帖子，你说的意思是 你 删除了 xyz 文件 中的两行内容，对吗？
如果是的话，你xyz原子 总数变了，模拟的盒子中原子排列序号也变了，你需要修改下你的初始的模拟的 体系的文件（也就是xyz文件）

谢谢你的回复，我解决这个问题了，就是XYZ文件匹配除了问题，在input中的坐标与其他文件中的坐标要一直才能运行！谢谢！
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人人都为幸福而来！将解决问题置于第一！
8楼2012-03-25 09:42:59
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