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汕头大学海洋科学接受调剂
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zhugezilong

木虫 (著名写手)

[求助] 分子对称性的选择问题

我最近想分析一下一个多酸化合物Mo6O19的分子轨道并计算其吸收光谱。这个分子是个-2价的分子，Mo是正6价，O为-2价，是正六面体结构，分子对称性为Oh。在这个分子中其中有个氧分子是位于正六面体的体心位置的，和6个钼都有共价键作用。
我用晶体cif文件选取分子坐标，然后用gaussview将其处理成Oh对称性，并在优化过程中让其保持对称性不变，用rb3lyp/3-21G进行优化，电荷为-2，S为1，结果优化后的得到的Oh构型中存在三个一样的虚频。
                   1                      2                      3
                    T1G                    T1G                    T1G
Frequencies --  -160.3709              -160.3709              -160.3709
Red. masses --    22.9099                22.9099                22.9099
Frc consts  --     0.3472                 0.3472                 0.3472
IR Inten    --     0.0000                 0.0000                 0.0000
如果把虚频坐标加到优化后的结构中后再进行优化的话，虚频消除了，但是分子的对称性就从Oh变为了C1。如果限定为Oh对称性的话，总是会出现三个一样的虚频。
我想研究这个分子的吸收光谱和激发态。我想问下，我应该采用没有虚频的C1对称性结构去计算TD-DFT，还是应该采用带有虚频的Oh对称性结构呢？
有办法在保持高对称性的同时来消除虚频吗？
非常感谢。

Mo6O19结构

[ Last edited by zhugezilong on 2011-11-18 at 22:09 ]
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1楼 2011-11-18 21:31:17
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zhugezilong

木虫 (著名写手)
非常感谢。我试试看
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5楼2011-11-21 13:49:37
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-11-18 22:33:06
这里有三个简并的虚频模式，可能结果造成三个模式的简正坐标混在一起，降低对称性后，每个模式对应的都不是简正坐标。导致从Oh一下降到C1对称性。
遇到这种问题，要么根据振动动画猜出“干净的”简正坐标。或者用处理对称性比较好的其它程序帮助分析，比如ADF。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-11-18 22:21:43
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zhugezilong

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by beefly at 2011-11-18 22:21:43:
这里有三个简并的虚频模式，可能结果造成三个模式的简正坐标混在一起，降低对称性后，每个模式对应的都不是简正坐标。导致从Oh一下降到C1对称性。
遇到这种问题，要么根据振动动画猜出“干净的”简正坐标。或者用 ...

非常感谢。如何去根据振动动画猜出干净的简正坐标呢？是不是不是很容易呀。另外，如果用ADF进行优化的结果，然后再用gaussian去计算TD-DFT可行吗，还是必须都在ADF中进行计算了。那得重新学ADF了。
赞一下 回复此楼
3楼2011-11-20 13:24:01
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
先用adf做opt+freq计算，如果体系对基组的依赖性不强，可以用小一些的基组。得到定性正确的虚频模式以后，乘上个小的位移因子，加到gaussian优化的结构上（可能需要调整原子顺序）
赞一下 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2011-11-20 23:07:56
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