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usoado木虫 (小有名气)
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一个GAUSSIAN简单问题，但我太鹾求助
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log文件的内容 1/38=1/1; 2/12=2,17=6,18=5,40=1/2; 3/6=3,11=1,16=1,25=14,30=1,116=1/1,2,3,11,14; 4//1; 5/5=1/2; 6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1; 99/5=1,9=1,10=8/99; Error converting string" 6.5" to an integer. Out-of-memory error in routine RdGeom-1 (IEnd= 6750021 MxCore= 0) Use %mem=7MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step. Error termination via Lnk1e in /home/dgh/g09/l101.exe at Tue Nov 15 10:50:04 2011. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.1 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 lz刚学习GAUSSIAN软件，并按照教程装了LINUX 64的版本G09，然后想运行一下test里面的test000,出现了这个错误：Segmentation fault。上面的log文件是输出文件，大家帮忙看看，我在.bashrc里面加了 export GAUSS_MEMDEF=800MW 其他的和网上的安装教程一样。这里lz电脑4核8线程，8G内存。另外硬盘/home下的容量大概只有150G左右吧。大家看看，这该怎么解决? 谢谢。 |
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2楼2011-11-15 11:14:48
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%mem=500MW ------------------------------------------------------ # SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional ------------------------------------------------------ 1/38=1/1; 2/12=2,17=6,18=5,40=1/2; 3/6=3,11=1,16=1,25=14,30=1,116=1/1,2,3,11,14; 4//1; 5/5=1/2; 6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1; 99/5=1,9=1,10=8/99; ----------------------------------------- Gaussian Test Job 00 Water with archiving ----------------------------------------- Symbolic Z-matrix: Charge = 0 Multiplicity = 1 O H 1 0.96 H 1 0.96 2 109.47122 1 tetrahedral angles replaced. 1 tetrahedral angles replaced. Input orientation: --------------------------------------------------------------------- Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms) Number Number Type X Y Z --------------------------------------------------------------------- 1 8 0 0.000000 0.000000 0.000000 2 1 0 0.000000 0.000000 0.960000 3 1 0 0.905097 0.000000 -0.320000 --------------------------------------------------------------------- Distance matrix (angstroms): 1 2 3 1 O 0.000000 2 H 0.960000 0.000000 3 H 0.960000 1.567673 0.000000 Stoichiometry H2O Framework group C2V[C2(O),SGV(H2)] Deg. of freedom 2 Full point group C2V NOp 4 Largest Abelian subgroup C2V NOp 4 Largest concise Abelian subgroup C2 NOp 2 Standard orientation: --------------------------------------------------------------------- Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms) Number Number Type X Y Z --------------------------------------------------------------------- 1 8 0 0.000000 0.000000 0.110851 2 1 0 0.000000 0.783837 -0.443405 3 1 0 0.000000 -0.783837 -0.443405 --------------------------------------------------------------------- Rotational constants (GHZ): 919.0227225 408.0852053 282.5991530 Standard basis: STO-3G (5D, 7F) There are 4 symmetry adapted basis functions of A1 symmetry. There are 0 symmetry adapted basis functions of A2 symmetry. There are 1 symmetry adapted basis functions of B1 symmetry. There are 2 symmetry adapted basis functions of B2 symmetry. Integral buffers will be 131072 words long. Raffenetti 1 integral format. Two-electron integral symmetry is turned on. 7 basis functions, 21 primitive gaussians, 7 cartesian basis functions 5 alpha electrons 5 beta electrons nuclear repulsion energy 9.1571759100 Hartrees. NAtoms= 3 NActive= 3 NUniq= 2 SFac= 1.69D+00 NAtFMM= 80 NAOKFM=F Big=F One-electron integrals computed using PRISM. NBasis= 7 RedAO= T NBF= 4 0 1 2 NBsUse= 7 1.00D-06 NBFU= 4 0 1 2 对了log变成这样了。 |
4楼2011-11-15 15:13:35
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找到几种 方法，不知道那种能行？ 1，如果你安装在/optg03, 只需要： mkdir -p /opt/g03/scratch 就可以了，windows雷同, 道理就不讲了, 当然也有别的办法，就这样吧，能用就行。 2，两条思路： 1、确认程序的编译器对应32or64位；如果不对修改路径，或输入全路径编译： 2、修改系统资源的限制； # set up environment for Intel Fortran source /opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/ifortvars.sh ia32 # set unlimited stack size ulimit -s unlimited 找到答案了，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2790290 木虫们真是聪明。 |
7楼2011-11-15 20:42:48
wushidi
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【答案】应助回帖
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gmy1990(金币+2): 2011-11-17 11:24:15
usoado(金币+8): 太感谢了，我说怎么找不到Default.Route，原来是自己建的。 2011-11-17 14:23:46
gmy1990(金币+2): 2011-11-17 11:24:15
usoado(金币+8): 太感谢了，我说怎么找不到Default.Route，原来是自己建的。 2011-11-17 14:23:46
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别把简单问题搞复杂了哦 楼主的问题是，计算的时候默认的内存太小。 但是gaussian为什么自带的例子也会出现内存不够？不知道是不是用了多cpu。 因此可以手动指定内存的办法。 %mem=700 mb 这个放在input 里面就行了。 如果说要做测试例子，当然不可能一个个的加。 所以，建议楼主在$g09root/ 下面建一个Default.Route 的文件 内容比如： -M- 800mb 默认的内存为800mb ，当然还可以定义很多默认的东西，比如cpu 数目，具体google 一下Default.Route gaussian的设置吧。 |
10楼2011-11-17 08:35:07
