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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 一个GAUSSIAN简单问题，但我太鹾求助
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usoado

木虫 (小有名气)

[求助] 一个GAUSSIAN简单问题，但我太鹾求助

log文件的内容

1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/6=3,11=1,16=1,25=14,30=1,116=1/1,2,3,11,14;
4//1;
5/5=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1,10=8/99;
Error converting string"                 6.5" to an integer.
Out-of-memory error in routine RdGeom-1 (IEnd=       6750021 MxCore=             0)
Use %mem=7MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /home/dgh/g09/l101.exe at Tue Nov 15 10:50:04 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


lz刚学习GAUSSIAN软件，并按照教程装了LINUX 64的版本G09，然后想运行一下test里面的test000,出现了这个错误：Segmentation fault。上面的log文件是输出文件，大家帮忙看看，我在.bashrc里面加了
export GAUSS_MEMDEF=800MW 其他的和网上的安装教程一样。这里lz电脑4核8线程，8G内存。另外硬盘/home下的容量大概只有150G左右吧。大家看看，这该怎么解决?
谢谢。
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I'm Chinese
1楼 2011-11-15 11:00:49
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alick_cxj

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-11-15 11:15:23
usoado(金币+2): 已经解决了，但是谢谢你的回帖。 2011-11-17 14:22:46
已经提示是Out-of-memory error了
而且建议你用 %mem=7MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
你既然8G内存，可以一开始就设置大点，如你可以在输入文件中加%mem=500MW
其中1MW=8MB，这样的话一般就没什么问题了
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2楼2011-11-15 11:14:48
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usoado

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alick_cxj at 2011-11-15 11:14:48:
已经提示是Out-of-memory error了
而且建议你用 %mem=7MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
你既然8G内存，可以一开始就设置大点，如你可以在输入文件中加%mem=500MW
...

%mem=500MW
# SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional

Gaussian Test Job 00
Water with archiving

0 1
O
H 1 0.96
H 1 0.96 2 109.471221

大哥。你看，我把test000的文件改成这样，不过Segmentation fault
还是这种错误。
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I'm Chinese
3楼2011-11-15 15:07:59
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usoado

木虫 (小有名气)
%mem=500MW
------------------------------------------------------
# SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional
------------------------------------------------------
1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/6=3,11=1,16=1,25=14,30=1,116=1/1,2,3,11,14;
4//1;
5/5=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1,10=8/99;
-----------------------------------------
Gaussian Test Job 00 Water with archiving
-----------------------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
O
H                    1     0.96
H                    1     0.96     2     109.47122

     1 tetrahedral angles replaced.
    1 tetrahedral angles replaced.
                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          8           0        0.000000    0.000000    0.000000
      2          1           0        0.000000    0.000000    0.960000
      3          1           0        0.905097    0.000000   -0.320000
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3
     1  O    0.000000
     2  H    0.960000   0.000000
     3  H    0.960000   1.567673   0.000000
Stoichiometry    H2O
Framework group  C2V[C2(O),SGV(H2)]
Deg. of freedom     2
Full point group                 C2V     NOp   4
Largest Abelian subgroup         C2V     NOp   4
Largest concise Abelian subgroup C2      NOp   2
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          8           0        0.000000    0.000000    0.110851
      2          1           0        0.000000    0.783837   -0.443405
      3          1           0        0.000000   -0.783837   -0.443405
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):    919.0227225    408.0852053    282.5991530
Standard basis: STO-3G (5D, 7F)
There are     4 symmetry adapted basis functions of A1  symmetry.
There are     0 symmetry adapted basis functions of A2  symmetry.
There are     1 symmetry adapted basis functions of B1  symmetry.
There are     2 symmetry adapted basis functions of B2  symmetry.
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
     7 basis functions,    21 primitive gaussians,     7 cartesian basis functions
     5 alpha electrons        5 beta electrons
       nuclear repulsion energy         9.1571759100 Hartrees.
NAtoms=    3 NActive=    3 NUniq=    2 SFac= 1.69D+00 NAtFMM=   80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=     7 RedAO= T  NBF=     4     0     1     2
NBsUse=     7 1.00D-06 NBFU=     4     0     1     2

对了log变成这样了。
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I'm Chinese
4楼2011-11-15 15:13:35
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usoado

木虫 (小有名气)
g09root=/home/usr
GAUSS_SCRDIR=/home/usr/g09/scratch
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
export GAUSS_MEMDEF=800MW

bashrc文件里面的内容是这样。
谢谢。
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I'm Chinese
5楼2011-11-15 15:50:14
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xys008

金虫 (小有名气)
水平不够，进来学习，支持

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2011-11-15 16:02:16
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usoado

木虫 (小有名气)
找到几种 方法，不知道那种能行？
1，如果你安装在/optg03, 只需要：
    mkdir -p /opt/g03/scratch
    就可以了，windows雷同, 道理就不讲了,
    当然也有别的办法，就这样吧，能用就行。
2，两条思路：
    1、确认程序的编译器对应32or64位；如果不对修改路径，或输入全路径编译：
    2、修改系统资源的限制；
     # set up environment for Intel Fortran
    source /opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/ifortvars.sh ia32
    # set unlimited stack size
    ulimit -s unlimited
找到答案了，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2790290
木虫们真是聪明。
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I'm Chinese
7楼2011-11-15 20:42:48
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wushidi

木虫 (小有名气)
话说这两句punch=archive trakio 是干嘛用的，说明书里也没找到，楼主自己做一个输入文件试试，别用他的test
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8楼2011-11-15 20:47:04
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usoado

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wushidi at 2011-11-15 20:47:04:
话说这两句punch=archive trakio 是干嘛用的，说明书里也没找到，楼主自己做一个输入文件试试，别用他的test

那个我按照7楼的方法已经通过了，不过刚学Gaussian，关键词也还不清楚。高斯的软件自己给的test总是应该测试通过的。
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I'm Chinese
9楼2011-11-15 20:53:26
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-11-17 11:24:15
usoado(金币+8): 太感谢了，我说怎么找不到Default.Route，原来是自己建的。 2011-11-17 14:23:46
别把简单问题搞复杂了哦
楼主的问题是，计算的时候默认的内存太小。
但是gaussian为什么自带的例子也会出现内存不够？不知道是不是用了多cpu。
因此可以手动指定内存的办法。
%mem=700 mb 这个放在input 里面就行了。
如果说要做测试例子，当然不可能一个个的加。
所以，建议楼主在$g09root/  下面建一个Default.Route 的文件
内容比如：
-M- 800mb    默认的内存为800mb ，当然还可以定义很多默认的东西，比如cpu 数目，具体google 一下Default.Route gaussian的设置吧。
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Youcompleteme.
10楼2011-11-17 08:35:07
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