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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

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专业: 天然药物化学

[求助] 请高手指点一下，一个加氢键精修的问题，软件加氢键后运行不了

我已经到加氢键的那一步，我的晶体对称性非常好，空间群是P63/m
在ins中用了
BOND $H
HTAB后
在lst文件中找到氢键
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O1-H1A       0.860 2.338 125.99 2.927 N1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ]
O1-H1A       0.860 2.338 125.99 2.927 N1 [ -x+y, -x-1, z ]

O1-H1B       0.860 2.306 133.83 2.967 O1W [ x, y-1, z ]
O1-H1B       0.860 2.466 118.18 2.970 N1 [ -y-1, x-y-1, z ]

O1W-H1WA    0.860 2.391 124.82 2.967 O1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ]
O1W-H1WA    0.860 2.559 136.37 3.237 N1 [ -x+y-1, -x-1, z ]

O1W-H1WB    0.860 2.668 154.35 3.464 N1 [ x-y-1, x, -z ]
然后我按照加氢键的方法
在ins中输入了以下
HTAB O1 N1_$1
HTAB O1 N1_$2
HTAB O1 O1W_$3
HTAB O1 N1_$4
HTAB O1W O1_$5
HTAB O1W N1_$6
HATB O1W N1_$7
EQIV $1 -x+y, -x-1, -z+1/2
EQIV $2 -x+y, -x-1, z
EQIV $3 x, y-1, z
EQIV $4 -y-1, x-y-1, z
EQIV $5 -x+y, -x-1, -z+1/2
EQIV $6 -x+y-1, -x-1, z
EQIV $7 x-y-1, x, -z eqiv $1 -x+y, -x-1, -z+1/2
点击保存，运行Xl
出现错误提示
ATOM NAMES NOT ALLOWED

如果我把上述的htab eqiv行删除再运行Xl ，又可以啦。
不知道问题出在哪里？
请高手指点。
我自己的猜想是，1，是不是因为我的晶体对称性太好了，所以出现氢键有重复的，比如HTAB O1 N1_$1
HTAB O1 N1_$2
2，是不是我的氢键超出了范围，接近前面的5个接近3，后面的两个大于3

不知道可否不讨论呢？谢谢。

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1楼 2011-11-14 17:10:10

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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

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引用回帖:

12楼: Originally posted by yytsnake at 2011-11-15 10:07:55:
如果对称代码有疑问，可以用 PLATON算一下H键，看与LST文件是否一致。如果用OLEX2，让结构GROW一下，鼠标指向新生成的N1原子就可以直接看到其对称代码。其它原子如O1、O1W也是如上查看。

谢谢。我的具体问题是，在XP用哪个指令查看对称操作码呢？
在PLAton中又如何操作呢？谢谢。