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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 有关MS 的建模 优化及计算的一些问题
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caijj09

木虫 (职业作家)

[求助] 有关MS 的建模 优化及计算的一些问题

最近在自学MS，也一直在论坛里逛，但对MS还是了解皮毛。现在遇到一些问题，希望各位MS高手能帮忙解答。

1， 如果我要构建带电的基团，如硫酸根，该怎么构建？ 请给出能够看懂并进行操作的步骤（现在掌握了构建晶体， 团簇， 表面，超胞，多层结构）

2，在用CASTEP进行结构优化时，Energy 图如图1所示，一直在振荡，这个时候该设置哪些参数？怎么设置参数？（看网上的帖子，有设SCF, K-point。 我模拟的是过渡金属Ni，及主族金属Sn，金属氧化物，对这些体系我该如何设置参数？）

图1：优化结构时振荡的Energy 图
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自强不息
1楼 2011-11-05 11:39:48
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流星雨

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+4): 谢谢~ 2011-12-19 11:23:13
参数的设置不同体系、不同模型，都不一样，建议你参看和你研究的类似的文献中的参数设置。
团簇模型的构建与周期性超胞模型前面都一样，只是在build-supercell之后，如果要做周期性计算，则应选择build>Crystals>build  vaccum  slab，其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选择build>Symmetry>Non-periodic Structure，去掉模型的周期性，并跟据自己的实际需要删除部分原子，得到想要的团簇模型。
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衣带渐宽终不悔
6楼2011-12-18 22:40:18
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青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
caijj09(金币+5): 谢谢啦！还想再了解下，在对这样的结构进行优化时，怎么设置参数？有哪些需要注意的地方？ 2011-11-06 20:46:02
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-11-06 22:27:57
第一个问题：直接更改硫元素的电荷就行（从properties中的电荷），这样就变成了硫酸根粒子了，要确定是那个元素上带的电荷。
第二个就没有涉及这一块
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
3楼2011-11-06 19:34:32
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青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
caijj09(金币+5): 非常感谢！ 2011-11-07 18:15:20
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-11-07 19:25:01
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-11-07 19:25:03
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-11-07 19:25:22
我没用过这么复杂的像硫酸根离子这样的，但是我用过像氯离子的，没有优化，我觉得应该是带上电荷后再进行正常顺序的优化（这仅代表我个人观点，不一定对）
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
4楼2011-11-07 15:43:33
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qujinfeng

金虫 (小有名气)
团簇怎么建模啊？求指教
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5楼2011-12-16 17:52:10
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