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sunchenguang

金虫 (小有名气)

[求助] 求助:谁知道结构的赝对称问题怎么解决??

谁知道结构的赝对称问题怎么解决??
我做的有机物晶体结构在shelx的默认空间群Pmna解不出来 ,解得时候先降低对称性为pna21,解出来后本想通过platon再把空间群还原回去,但是platon认为空间群合适,还原不回去了,同时也认为可能有赝对称性。
已经解到没有A类错误了,解出来最小独立单元里是有3个有机物和三个DMF,然而checkcif后platon认为的分子量只有一个有机物和一个DMF,不知道我的结构解得有问题么??是否影响发表啊?
听说有个叫SAPI的程序可以解决赝对称问题,有人会使用么?
现正在写文章,比较着急啊,请大家多多帮助!O(∩_∩)O谢谢!
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ww6174

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流~ 2011-10-31 20:06:06
sunchenguang(金币+3): 2011-10-31 21:39:17
sunchenguang(金币+2): 2011-11-01 09:43:25
关于分子量的问题,xpre时,改下Z值重新解试试
2楼2011-10-31 18:58:55
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sunchenguang

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ww6174 at 2011-10-31 18:58:55:
关于分子量的问题,xpre时,改下Z值重新解试试

精修的时候Z值就是按照platon给的去修的,不知道为什么会出现这个问题哦
3楼2011-10-31 21:41:47
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ww6174

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

sunchenguang(金币+3): 2011-10-31 23:35:42
sunchenguang(金币+3): 2011-11-01 09:42:50
内容已删除
4楼2011-10-31 23:13:56
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

sunchenguang(金币+5): 2011-11-01 09:42:40
我以前也遇到过类似的情况,用低对称空间群解出来后总是提示空间群应该更高。可是高对称空间群解出来会有好多无序的基团和原子。我后来加了TWIN和BASF命令后,发现低对称空间群占有的比例比较大。最后发表的时候还是用的低对称的空间群。
学无止境
5楼2011-11-01 00:49:54
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ys851216

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by cluster8676 at 2011-11-01 00:49:54:
我以前也遇到过类似的情况,用低对称空间群解出来后总是提示空间群应该更高。可是高对称空间群解出来会有好多无序的基团和原子。我后来加了TWIN和BASF命令后,发现低对称空间群占有的比例比较大。最后发表的时候还 ...

1.使用TWIN和BASF命令后,要寻找TWIN后的矩阵数值。请问一下如何寻找 ?
2.纯有机物和配合物不同,没有太重的原子(有 P,S还好些),我也是现在低的空间群解个大概,然后转的,否则杂峰太多。不过好像用PWT可以转的。
人生为棋,我愿为卒,虽然移动缓慢,但谁曾见我后退。
6楼2011-11-01 21:27:00
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sunchenguang

金虫 (小有名气)

checkcif 后给出的分子量是1个分子加一个客体,实际的是三个分子加三个客体,而且都是按照checkcif 后给的Z值精修的,所以就很奇怪了,到底这是为什么呢,有谁碰到过这种情况么?
7楼2011-11-01 22:10:43
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ys851216 at 2011-11-01 01:27:00:
1.使用TWIN和BASF命令后,要寻找TWIN后的矩阵数值。请问一下如何寻找 ?
2.纯有机物和配合物不同,没有太重的原子(有 P,S还好些),我也是现在低的空间群解个大概,然后转的,否则杂峰太多。不过好像用PWT可以 ...

1, TWIN后面的矩阵如果不是你输入的话,就是默认的,(-1 0 0, 0 -1 0, 0 0 -1) n=2, 其他的一些特殊情况请参考SHELX-97 使用说明。

2, 纯有机的东西的确不同,(我不是做有机的, 一般结构里面都会有金属), 要想确定空间群还是需要好的数据,和合理的吸收校正。Platon是可以转空间群的。
学无止境
8楼2011-11-01 22:50:57
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megasomega

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

sunchenguang(金币+3): 2011-11-02 20:33:19
对称性的错误解释一下就可以了,不必修到没错误,addsym其实忽略了H原子以及无序部分,手性部分要慎重考虑对称性。
9楼2011-11-01 23:17:17
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ys851216

木虫 (正式写手)

我认为对称性问题是解晶体时一个原则问题,(首先就应该确定空间群)应该解决掉。建议楼主删除所有氢再转一次空间群试一试。
人生为棋,我愿为卒,虽然移动缓慢,但谁曾见我后退。
10楼2011-11-02 21:33:38
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