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sunchenguang

金虫 (小有名气)

[求助] 求助：谁知道结构的赝对称问题怎么解决？？

谁知道结构的赝对称问题怎么解决？？
我做的有机物晶体结构在shelx的默认空间群Pmna解不出来 ,解得时候先降低对称性为pna21，解出来后本想通过platon再把空间群还原回去，但是platon认为空间群合适，还原不回去了，同时也认为可能有赝对称性。
已经解到没有A类错误了，解出来最小独立单元里是有3个有机物和三个DMF，然而checkcif后platon认为的分子量只有一个有机物和一个DMF，不知道我的结构解得有问题么？？是否影响发表啊？
听说有个叫SAPI的程序可以解决赝对称问题，有人会使用么？
现正在写文章，比较着急啊，请大家多多帮助！O(∩_∩)O谢谢！
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1楼 2011-10-31 18:29:47
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ww6174

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流~ 2011-10-31 20:06:06
sunchenguang(金币+3): 2011-10-31 21:39:17
sunchenguang(金币+2): 2011-11-01 09:43:25
关于分子量的问题，xpre时，改下Z值重新解试试
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2楼2011-10-31 18:58:55
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sunchenguang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ww6174 at 2011-10-31 18:58:55:
关于分子量的问题，xpre时，改下Z值重新解试试

精修的时候Z值就是按照platon给的去修的，不知道为什么会出现这个问题哦
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3楼2011-10-31 21:41:47
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ww6174

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

sunchenguang(金币+3): 2011-10-31 23:35:42
sunchenguang(金币+3): 2011-11-01 09:42:50
内容已删除
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4楼2011-10-31 23:13:56
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

sunchenguang(金币+5): 2011-11-01 09:42:40
我以前也遇到过类似的情况，用低对称空间群解出来后总是提示空间群应该更高。可是高对称空间群解出来会有好多无序的基团和原子。我后来加了TWIN和BASF命令后，发现低对称空间群占有的比例比较大。最后发表的时候还是用的低对称的空间群。
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学无止境
5楼2011-11-01 00:49:54
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ys851216

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cluster8676 at 2011-11-01 00:49:54:
我以前也遇到过类似的情况，用低对称空间群解出来后总是提示空间群应该更高。可是高对称空间群解出来会有好多无序的基团和原子。我后来加了TWIN和BASF命令后，发现低对称空间群占有的比例比较大。最后发表的时候还 ...

1.使用TWIN和BASF命令后，要寻找TWIN后的矩阵数值。请问一下如何寻找 ？
2.纯有机物和配合物不同，没有太重的原子（有 P,S还好些），我也是现在低的空间群解个大概，然后转的，否则杂峰太多。不过好像用PWT可以转的。
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人生为棋，我愿为卒，虽然移动缓慢，但谁曾见我后退。
6楼2011-11-01 21:27:00
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sunchenguang

金虫 (小有名气)
checkcif 后给出的分子量是1个分子加一个客体，实际的是三个分子加三个客体，而且都是按照checkcif 后给的Z值精修的，所以就很奇怪了，到底这是为什么呢，有谁碰到过这种情况么？
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7楼2011-11-01 22:10:43
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ys851216 at 2011-11-01 01:27:00:
1.使用TWIN和BASF命令后，要寻找TWIN后的矩阵数值。请问一下如何寻找 ？
2.纯有机物和配合物不同，没有太重的原子（有 P,S还好些），我也是现在低的空间群解个大概，然后转的，否则杂峰太多。不过好像用PWT可以 ...

1, TWIN后面的矩阵如果不是你输入的话，就是默认的，(-1 0 0, 0 -1 0, 0 0 -1) n=2, 其他的一些特殊情况请参考SHELX-97 使用说明。

2， 纯有机的东西的确不同，（我不是做有机的， 一般结构里面都会有金属）， 要想确定空间群还是需要好的数据，和合理的吸收校正。Platon是可以转空间群的。
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学无止境
8楼2011-11-01 22:50:57
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megasomega

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

sunchenguang(金币+3): 2011-11-02 20:33:19
对称性的错误解释一下就可以了，不必修到没错误，addsym其实忽略了H原子以及无序部分，手性部分要慎重考虑对称性。
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9楼2011-11-01 23:17:17
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ys851216

木虫 (正式写手)
我认为对称性问题是解晶体时一个原则问题，（首先就应该确定空间群）应该解决掉。建议楼主删除所有氢再转一次空间群试一试。
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人生为棋，我愿为卒，虽然移动缓慢，但谁曾见我后退。
10楼2011-11-02 21:33:38
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