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bs340248

铜虫 (小有名气)

[求助] fix rigid命令请教

请教个问题:
模拟的体系有200个相同的分子,共10000个原子(data文件里面已经在第二列将每个分子的序号从1-200分配好了)。我希望分子是刚性的(分子内的键长键角不变),所以用了
fix 1 all rigid/nvt molecule temp 300 300 100
这个命令,结果模拟的时候温度不停上升,但是用vmd查看的时候发现模拟的体系中,分子只在起始位置附近微微震动。
希望大家能给我个建议,我错在哪里了
谢谢

为了测试,我做了个只有4个分子(200个原子)的体系,这4个分子分散得很开,用相同的in文件进行模拟,结果模拟的温度不停上升,用vmd查看的时候发现这4个分子还算是符合我的预期,整体在运动

[ Last edited by bs340248 on 2011-10-12 at 13:45 ]
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seawinds

新虫 (初入文坛)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-06 21:22:17
遇到同样的问题,而且报错信息为 "ERROR: Insufficient Jacobi rotations for rigid body"

manual上解释为 "Eigensolve for rigid body was not sufficiently accurate."

有没有人能帮忙解释一下这是什么意思阿。。
2楼2012-02-01 05:25:15
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