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bs340248铜虫 (小有名气)
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[求助]
fix rigid命令请教
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请教个问题： 模拟的体系有200个相同的分子，共10000个原子（data文件里面已经在第二列将每个分子的序号从1-200分配好了）。我希望分子是刚性的（分子内的键长键角不变），所以用了 fix 1 all rigid/nvt molecule temp 300 300 100 这个命令，结果模拟的时候温度不停上升，但是用vmd查看的时候发现模拟的体系中，分子只在起始位置附近微微震动。 希望大家能给我个建议，我错在哪里了 谢谢 为了测试，我做了个只有4个分子（200个原子）的体系，这4个分子分散得很开，用相同的in文件进行模拟，结果模拟的温度不停上升，用vmd查看的时候发现这4个分子还算是符合我的预期，整体在运动 [ Last edited by bs340248 on 2011-10-12 at 13:45 ] |
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2楼2012-02-01 05:25:15