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xk6891至尊木虫 (著名写手)
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cp2k并行编译出错
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平台： CPU:Intel(R) Xeon(R) CPU E5620 内存：16G 系统：CentOS release 5.6 (Final) 内核：GNU/Linux x86-64 编译器采用Intel Fortran 11.1及Open MPI 1.4.3 数学库FFTW3，Libint1.1.4，Intel MKL10.2.5.035 这里可以肯定的是编译器的安装是不会出错的，因为用相同的编译器编译过cpmd，而且正在正常使用。 数学库是自己安装的，而且是三个数学库都是采用非root用户安装，安装正常，没有错误和警告产生（不知道安装之后，是否还需要设置环境变量？）。 进入/CP2K/ARCH中修改了，Linux-x86-64-intel.popt ______________________________________________________________________________________ ～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～ # by default some intel compilers put temporaries on the stack # this might lead to segmentation faults is the stack limit is set to low # stack limits can be increased by sysadmins or e.g with ulimit -s 256000 # furthermore new ifort (10.0?) compilers support the option # -heap-arrays 64 # add this to the compilation flags is the other options do not work # The following settings worked for: # - AMD64 Opteron # - SUSE Linux Enterprise Server 10.0 (x86_64) # - Intel(R) Fortran Compiler for Intel(R) EM64T-based applications, Version 10.0.025 # - AMD acml library version 3.6.0??(Intel可以使用这个么？) # - MPICH2-1.0.5p4 # - SCALAPACK library 1.8.0 # # CC = cc CPP = FC = mpif90 LD = mpif90 AR = ar -r DFLAGS = -D__INTEL -D__FFTSG -D__PARALLEL -D__BLACS -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D_LIBINT CPPFLAGS = INTEL_INC = /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/include/em64t/lp64 FFTW_INC = /export/home/**/CP2K/fftw/include LIBINT_INC = /export/home/**/CP2K/libint/include/libint FCFLAGS = $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC) -I$(FFTW_INC) -I$(LIBINT_INC) -O3 -xW -heap-arrays 64 -funroll-loops -fpp -free FCFLAGS2 = $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC) -I$(FFTW_INC) -I$(LIBINT_INC) -O1 -xW -heap-arrays 64 -fpp -free LDFLAGS = $(FCFLAGS) -I$(INTEL_INC) -I$(FFTW_INC) -I$(LIBINT_INC) FFTW_LIB = /export/home/**/CP2K/fftw/lib INTEL_LIB = /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t LIBINT_LIB = /export/home/**/CP2K/libint/lib LIBS = -L/export/home/kaixu/CP2K/tools/hfx_tools/libint_tools/libint_cpp_wrapper.o \ -L$(FFTW_LIB)/ -lfftw3 \ -L$(LIBINT_LIB)/ -lderiv -lint -lr12 \ -L$(INTEL_LIB)/ -lguide -liomp5 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_core \ -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_sp2dp -lmkl_intel_thread \ -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_solver_lp64 \ -lmkl_solver_lp64_sequential \ OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_intel.o graphcon.o: graphcon.F $(FC) -c $(FCFLAGS2) $< ～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～ ————————————————————————————————————————————————————— 我不知道上面的写法对不对，最后Intel我写了很多，因为我也不确定什么需要，什么不要 出现的错误是 /export/tools/compiler/intel/Compiler/11.1/072/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail google了一下，发现这个只是一个警告，而且HPCC上面解释这个警告不是很重要 上面的处理方法我不知道在这个里面如何运用，去掉警告 后面的错误都是这样 /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t//libmkl_scalapack_lp64.so: undefined reference to `Ccgerv2d' /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t//libmkl_scalapack_lp64.so: undefined reference to `Czgebr2d' /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t//libmkl_scalapack_lp64.so: undefined reference to `ztrsd2d_' ……………… 全部是说libmkl_scalapack_lp64.so的错误的 我尝试在LD =后面加上 -i-dynamic或者-i-static ，都处理不掉关于libmkl_scalapack_lp64.so的错误，或者他就是由前者的警告引起的。 想请教各位前辈帮忙看看是哪里出错，小生感激不尽。 Ref: 1 2 3 4 [ Last edited by xk6891 on 2011-9-30 at 17:16 ] |
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xk6891
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4楼2011-11-02 22:55:02
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zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-10-05 13:01:18
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-10-05 13:01:18
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可以肯定是库的问题， -L$(INTEL_LIB)/ -lguide -liomp5 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_core \ -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_sp2dp -lmkl_intel_thread \ -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_solver_lp64 \ -lmkl_solver_lp64_sequential \ 上面这些库可能是冲突的，或者与顺序有关。话说当年我编译CPMD的时候遇到错误，就是挨个测试里面的库，加入-去除。。。最后终于成功。这玩意儿跟机器配置相关，如果不懂库的含义的话，只能用最笨的方法。 |
2楼2011-10-05 07:00:35
xk6891
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3楼2011-10-05 13:47:38
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