| 查看: 2791 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
xk6891至尊木虫 (著名写手)
|
[求助]
cp2k并行编译出错
|
|
|
平台： CPU:Intel(R) Xeon(R) CPU E5620 内存：16G 系统：CentOS release 5.6 (Final) 内核：GNU/Linux x86-64 编译器采用Intel Fortran 11.1及Open MPI 1.4.3 数学库FFTW3，Libint1.1.4，Intel MKL10.2.5.035 这里可以肯定的是编译器的安装是不会出错的，因为用相同的编译器编译过cpmd，而且正在正常使用。 数学库是自己安装的，而且是三个数学库都是采用非root用户安装，安装正常，没有错误和警告产生（不知道安装之后，是否还需要设置环境变量？）。 进入/CP2K/ARCH中修改了，Linux-x86-64-intel.popt ______________________________________________________________________________________ ～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～ # by default some intel compilers put temporaries on the stack # this might lead to segmentation faults is the stack limit is set to low # stack limits can be increased by sysadmins or e.g with ulimit -s 256000 # furthermore new ifort (10.0?) compilers support the option # -heap-arrays 64 # add this to the compilation flags is the other options do not work # The following settings worked for: # - AMD64 Opteron # - SUSE Linux Enterprise Server 10.0 (x86_64) # - Intel(R) Fortran Compiler for Intel(R) EM64T-based applications, Version 10.0.025 # - AMD acml library version 3.6.0??(Intel可以使用这个么？) # - MPICH2-1.0.5p4 # - SCALAPACK library 1.8.0 # # CC = cc CPP = FC = mpif90 LD = mpif90 AR = ar -r DFLAGS = -D__INTEL -D__FFTSG -D__PARALLEL -D__BLACS -D__SCALAPACK -D__FFTW3 -D_LIBINT CPPFLAGS = INTEL_INC = /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/include/em64t/lp64 FFTW_INC = /export/home/**/CP2K/fftw/include LIBINT_INC = /export/home/**/CP2K/libint/include/libint FCFLAGS = $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC) -I$(FFTW_INC) -I$(LIBINT_INC) -O3 -xW -heap-arrays 64 -funroll-loops -fpp -free FCFLAGS2 = $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC) -I$(FFTW_INC) -I$(LIBINT_INC) -O1 -xW -heap-arrays 64 -fpp -free LDFLAGS = $(FCFLAGS) -I$(INTEL_INC) -I$(FFTW_INC) -I$(LIBINT_INC) FFTW_LIB = /export/home/**/CP2K/fftw/lib INTEL_LIB = /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t LIBINT_LIB = /export/home/**/CP2K/libint/lib LIBS = -L/export/home/kaixu/CP2K/tools/hfx_tools/libint_tools/libint_cpp_wrapper.o \ -L$(FFTW_LIB)/ -lfftw3 \ -L$(LIBINT_LIB)/ -lderiv -lint -lr12 \ -L$(INTEL_LIB)/ -lguide -liomp5 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_core \ -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_sp2dp -lmkl_intel_thread \ -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_solver_lp64 \ -lmkl_solver_lp64_sequential \ OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_intel.o graphcon.o: graphcon.F $(FC) -c $(FCFLAGS2) $< ～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～ ————————————————————————————————————————————————————— 我不知道上面的写法对不对，最后Intel我写了很多，因为我也不确定什么需要，什么不要 出现的错误是 /export/tools/compiler/intel/Compiler/11.1/072/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail google了一下，发现这个只是一个警告，而且HPCC上面解释这个警告不是很重要 上面的处理方法我不知道在这个里面如何运用，去掉警告 后面的错误都是这样 /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t//libmkl_scalapack_lp64.so: undefined reference to `Ccgerv2d' /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t//libmkl_scalapack_lp64.so: undefined reference to `Czgebr2d' /export/home/**/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t//libmkl_scalapack_lp64.so: undefined reference to `ztrsd2d_' ……………… 全部是说libmkl_scalapack_lp64.so的错误的 我尝试在LD =后面加上 -i-dynamic或者-i-static ，都处理不掉关于libmkl_scalapack_lp64.so的错误，或者他就是由前者的警告引起的。 想请教各位前辈帮忙看看是哪里出错，小生感激不尽。 Ref: 1 2 3 4 [ Last edited by xk6891 on 2011-9-30 at 17:16 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
明天应该可查了！？
已经有5人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有7人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有8人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
人气不行了
已经有10人回复
-
我面上完蛋了
已经有10人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有24人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有17人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Vasp并行编译出错
已经有7人回复
- 作为一个初学者，lz表示完全hold不住cp2k。。。求助方法、资料~~
已经有18人回复
- vasp并行测试时出错。
已经有7人回复
- 并行编译vasp出错，make: *** 没有规则可以创建“vasp”需要的目标“xml.o”。 停止
已经有12人回复
- vasp 并行运算出错
已经有7人回复
- 原来编译的siesta突然不能用，重新编译没错，运行出错
已经有13人回复
- vasp5.2 并行编译如何修改makefile
已经有5人回复
- 【pwzhou个人文集】Molpro 2010.1 PL20 并行编译
已经有5人回复
- 【求助】VASP编译出错
已经有5人回复
- 【求助成功】单机编译并行VASP，出现语法错误
已经有6人回复
xk6891
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13735.8
- 散金: 379
- 红花: 9
- 帖子: 1514
- 在线: 546小时
- 虫号: 890342
- 注册: 2009-11-01
- 专业: 理论和计算化学
3楼2011-10-05 13:47:38
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-10-05 13:01:18
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-10-05 13:01:18
|
可以肯定是库的问题， -L$(INTEL_LIB)/ -lguide -liomp5 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_core \ -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_sp2dp -lmkl_intel_thread \ -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_solver_lp64 \ -lmkl_solver_lp64_sequential \ 上面这些库可能是冲突的，或者与顺序有关。话说当年我编译CPMD的时候遇到错误，就是挨个测试里面的库，加入-去除。。。最后终于成功。这玩意儿跟机器配置相关，如果不懂库的含义的话，只能用最笨的方法。 |
2楼2011-10-05 07:00:35
xk6891
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13735.8
- 散金: 379
- 红花: 9
- 帖子: 1514
- 在线: 546小时
- 虫号: 890342
- 注册: 2009-11-01
- 专业: 理论和计算化学
4楼2011-11-02 22:55:02
