| 查看: 411 | 回复: 2 | |||
[求助]
求助受体准备过程中遇见的问题, 非常感谢!
|
|
看了一篇硕士论文，论文上关于PDB文件内容这样描述： PDB编号分别为 2BDY，该晶体结构中有如下基的侧链原子缺失:Lyss3s，Agr542，Phe845，。。。。。。， 在Sybyl6。9 中读入2BDY.PDB, 删除水分子, 为受体添加极性H, 并加载AMBER95 全原子电荷, 然后优化所添加的H原子, 固定所有重原子, 用最陡下降法, 能量收敛到10Kcal/mol. 最大叠代次数106，进行分子力学优化，使用Amber力场, 使用当前电荷。然后用共扼梯度法，能量收敛到 0.1kcal/mol, 然后为缺失侧链的11个残基添加侧链并优化. 请问: 1. 如何看侧链原子缺失? 2. 读入PDB以后, 要删除的部分是不是包括水分子, 金属离子还有配体? 3. 如何加载AMBER95 全原子电荷, 然后优化所添加的H原子? 刚接触这个领域, 希望大家多多帮助,非常感谢! |
回复此楼» 猜你喜欢
0831生医工第一轮调剂失败求助
已经有17人回复
-
291求调剂
已经有11人回复
-
297，工科调剂?河南农业大学本科
已经有14人回复
-
0854求调剂
已经有20人回复
-
26药学专硕105500求调剂
已经有7人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有15人回复
-
2026 WR青拔
已经有7人回复
-
一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗
已经有9人回复
-
271求调剂
已经有37人回复
-
申博自荐
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 诚心求助基金确定选题前如何查新的问题，非常感谢大家！
已经有10人回复
- 求助各位前辈：有没有用过分光光度计测Cr的，请教操作过程中遇见的问题啊~万分感激
已经有15人回复
- 求助使用web of science检索文献过程中显示不出检索结果的问题，非常感谢
已经有2人回复
- 求助谷氨酸受体建模问题！
已经有7人回复
- 【求助】请高手帮忙分析一下这张固化DSC曲线图，非常感谢
已经有18人回复
- 【求助】求解N-烷基化反应中遇见的问题
已经有8人回复
- 【求助】请教 Al-Ag合金 TEM 图片 衍射斑点 的问题，非常感谢！ （急）
已经有8人回复
- 求助高手：origin作粒度分布图！！非常感谢！！
已经有5人回复
zhongyunxia
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 768.4
- 散金: 1
- 帖子: 183
- 在线: 76.6小时
- 虫号: 1338148
- 注册: 2011-07-05
- 专业: 化工热力学和基础数据
2楼2011-09-28 09:40:41
3楼2011-09-29 10:10:33
