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求助受体准备过程中遇见的问题, 非常感谢!
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看了一篇硕士论文，论文上关于PDB文件内容这样描述： PDB编号分别为 2BDY，该晶体结构中有如下基的侧链原子缺失:Lyss3s，Agr542，Phe845，。。。。。。， 在Sybyl6。9 中读入2BDY.PDB, 删除水分子, 为受体添加极性H, 并加载AMBER95 全原子电荷, 然后优化所添加的H原子, 固定所有重原子, 用最陡下降法, 能量收敛到10Kcal/mol. 最大叠代次数106，进行分子力学优化，使用Amber力场, 使用当前电荷。然后用共扼梯度法，能量收敛到 0.1kcal/mol, 然后为缺失侧链的11个残基添加侧链并优化. 请问: 1. 如何看侧链原子缺失? 2. 读入PDB以后, 要删除的部分是不是包括水分子, 金属离子还有配体? 3. 如何加载AMBER95 全原子电荷, 然后优化所添加的H原子? 刚接触这个领域, 希望大家多多帮助,非常感谢! |
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