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量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] 用discover模块做吸附时

吸附质和吸附表面的大小怎么样确定,就是怎样设定二的大小使其匹配,还有要在水溶液当中进行吸附模拟的话怎样加水盒子,,,急啊!!!求知道的大侠指点啊!!!
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新手上路,请多关照
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gyldmy

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
uuv2010(金币+3): 多谢提示 2011-10-05 16:59:08
我也是刚刚开始接触MD,大家互相学习,关于你提出的问题,我说一下自己的见解,首先你应该确定你吸附表面的大小,不知道你的吸附材料是什么,我用的是Fe,首先就是切面,超晶胞(这一步确定你的吸附表面的大小,你可以用build-symmetry-Lattice parameters查看,其中a和b的数值就是你表面的大小)。
而吸附质与吸附表面的大小匹配要借助水盒子来完成,你要用Modules-AmorphousCell-Construction来建立一个含有若干水分子和吸附质的盒子,然后在对话框中找到Cell parameters(Angstrom)选择Specify a,b,改变a,b的数值使之与之前的吸附表面的a,b的数值相匹配。
2楼2011-10-04 16:07:44
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蔷薇妮妮

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyldmy at 2011-10-04 16:07:44
我也是刚刚开始接触MD,大家互相学习,关于你提出的问题,我说一下自己的见解,首先你应该确定你吸附表面的大小,不知道你的吸附材料是什么,我用的是Fe,首先就是切面,超晶胞(这一步确定你的吸附表面的大小,你可 ...

你好,菜鸟求助。请问铁的能量参数尺度参数是多少,在哪可以查?盒子尺寸根据什么确定的呢,还望大神不吝赐教,先谢过了

发自小木虫Android客户端
3楼2016-10-18 08:15:31
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