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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 有人用SIESTA跑过分子动力学模拟吗？
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

[交流] 有人用SIESTA跑过分子动力学模拟吗？

想和大家交流一下怎么使用SIESTA跑分子动力学。
(1)一般能跑多大的体系？
(2)跑完了之后，能得到各种结构的几率分布吗？我记得Amber中可以得到出现几率最大的结构。看手册，好像不能得到结构分布几率。只能得到最后的一个结构。
(3)SIESTA跑出来的结果和别的软件，如Amber等得到的结果相差多大，就是说SIESTA跑出来的结果可信度有多少？
希望使用SIESTA的高手交流一下。
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1楼 2011-09-26 08:37:40
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by minmin_0082003 at 2011-10-05 09:42:29:
实验室助教跑过，因为基组的原因，效率不是很高。答非所问了呵呵

谢谢。效率还是可以的。我觉得。因为我没用过其他的力场动力学的方法。所以感觉不出来这个速度。如果用力场跑动力学的话，可能快很多。
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3楼2011-10-05 09:49:13
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-10-05 17:06:46
实验室助教跑过，因为基组的原因，效率不是很高。答非所问了呵呵
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-10-05 09:42:29
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xiaoboy185

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
能详细说说吗   或者给点资料借鉴一下
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-10-10 14:13:42
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