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cug_zhang

金虫 (正式写手)

[求助] 关于Gaussian计算结果出现断键与虚频处理的问题

小弟是个Gaussian新手,正在学习中。现有几个个问题感到困惑:
举例如下:比如我画了一个6个原子的6边形结构,名字为Si6.gif,设置好Gaussian参数,其中在设置的时候Calculate->Gaussian Calculation Setup->General->Write connectivity 选中(之所以选中这一项,是我在论坛中看到选中该项则输出结果的结构不会出现断键),然后submit,启动计算,计算无误,但是有一个虚频,并且出现断键。接下来就需要处理虚频了,我在论坛看到一个处理虚频的方法,即用Gview打开out文件,然后点击菜单Results-》Vibrations-》选中虚频-》Manual displacement,数值我设置为0.2,点击Save structure,这时候就弹出一个New ,里面的图形结构和OUt文件中的一模一样,有断键,再接下来就是设置计算参数,我将该文件存盘为Si6-1.gif,启动Gaussian计算,无误,虚频没有了。
我的疑问是:
(1)为什么我按照论坛中的说明“Calculate->Gaussian Calculation Setup->General->Write connectivity 选中”,结果文件还会有断键?有高手解释说断不断键不影响,只是一个显示问题。可我总觉得看着别扭,有什么其他办法可以解决断键?
(2)关于虚频,“用Gview打开out文件,然后点击菜单Results-》Vibrations-》选中虚频-》Manual displacement,数值我设置为0.2,点击Save structure,这时候就弹出一个New ”,我的问题是这个新文件的结构和我原来文件的结构是不是一样(因为有断键,我看不出来)?最后的计算结果到底是对还是错?我自己的想法是点击Save structure后应该是针对原来的结果的,不应该出现一个New呀?
     请高手帮忙讲解一下把,谢谢!
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-09-21 14:24:33
cug_zhang(金币+2): 谢谢指点! 2011-09-21 19:16:03
(1) 断不断键确实只是Gview的显示问题,只和Gview本身自带的vdw radius有关,Gaussian计算时是根本不会看你的"connectivity"的;
(2) "Manual displacement"选中后旁边有个标尺可以用鼠标拖动,貌似范围是(-1.00~+1.00),你可以试着拖动一下就知道是不是和你原来的结构一样了...
2楼2011-09-21 12:20:13
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