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bianyuan2680至尊木虫 (著名写手)
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GaussSum使用问题 已有2人参与
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PDOS 计算单点能安使用说明的例子中加关键词POP=FULL IOP（9/33=1,9/36=-1） PDOS还是不显示 不知道怎么回事，请教高手 COOP To calculate the COOP spectrum, you need Groups.txt and a log file containing a full population analysis 是缺少什么？ 看GaussSum源码有Gnuplot，打开Gnuplot不知道怎么用啊，菜鸟求助 |
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5楼2011-09-16 05:06:04
bianyuan2680
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别的地方看来的 from: 作者：光着脚丫 1. 通过GaussSum打开Gauss的输出文件（log或out），选择MO.py，选择DOS。 2. 在Start和End中输入起始点的能量（eV），在FWHM中输入半峰宽。 3. 点击GaussSum 图标，稍等片刻，DOS图就做出来了。 此时在输出文件所在目录会自动生成一个名为gausssun1.0的文件夹，里面有orbital_data.txt和DOS_spectrum.txt，分别为轨道信息和DOS信息。如果要做PDOS（partial density of states spectra）的话，输入文件里需要用到这些关键词：pop=full iop(3/33=1,3/36=-1)，以便输出所需信息。并且需要准备一个groups.txt文件，格式如下： 片断1 片断1中所有原子的序号 片断2 片断2中所有原子的序号 片断3 片断3中所有原子的序号 需要注意的是 分子中的每个原子都必须列出，并且不能重复。 例如，对于[Ru(bpy)3]2+，可以写成这样： Ru 1 bpy1 2-11,14,17,22,27,34-35,42-43,50,57 bpy2 12,16,18-19,25-26,28-30,39-41,44-46,54-56,58,61 bpy3 13,15,20-21,23-24,31-33,36-38,47-49,51-53,59-60 接下来的操作和做DOS图一样。不同的是，做PDOS时，GaussSum需要计算每一部分对分子轨道的贡献，体系越大，需要等待的时间越长一些。 |
2楼2011-09-15 10:26:46
3楼2011-09-15 11:08:48
bianyuan2680
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youzhizhe: 建议引用回复。 2011-09-15 16:26:35
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GaussSum文件夹目录下有个gnuplot400文件夹 GaussSum/gnuplot400/bin/pgnuplot.exe GaussSum源码有gnuplot，我不懂，就是问问 import string import os import sys import numpy import numpy.oldnumeric as Numeric from math import exp,log from Tkinter import * from plot import DisplayPlot from gnupy import Gnuplot from folder import folder from gausssum.utils import levelname from gausssum.utils import GaussianSpectrum from gausssum.utils import Groups def Popanalysis(root,screen,logfile,logfilename,start,end,COOP,FWHM,makeorigin,gnuplotexec): def DOSconvolute(orb_MPA,evalue): """Convolute the DOS spectrum""" heights =[x for x in numpy.swapaxes(orb_MPA,0,1)] spectrum = GaussianSpectrum(start, end, 1000, (evalue, heights), FWHM) return spectrum |
4楼2011-09-15 14:58:50
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