| 查看: 1985 | 回复: 8 | ||||
bianyuan2680至尊木虫 (著名写手)
|
[交流]
GaussSum使用问题 已有2人参与
|
|
PDOS 计算单点能安使用说明的例子中加关键词POP=FULL IOP（9/33=1,9/36=-1） PDOS还是不显示 不知道怎么回事，请教高手 COOP To calculate the COOP spectrum, you need Groups.txt and a log file containing a full population analysis 是缺少什么？ 看GaussSum源码有Gnuplot，打开Gnuplot不知道怎么用啊，菜鸟求助 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 石墨稀专栏 |
» 猜你喜欢
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有12人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有13人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有15人回复
-
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有14人回复
-
要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够
已经有17人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有10人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有5人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 诺维信435的使用问题.
已经有13人回复
- 关于博后基金中的research expenses使用问题
已经有10人回复
- 关于Dowtherm A使用问题
已经有16人回复
- 请教服务器的使用问题
已经有11人回复
- sigmaplot使用问题求助
已经有1人回复
- 【求助/交流】KEGG使用问题
已经有3人回复
- 【求助】Ag/Ag+参比使用问题 噪声很大求解决 初次做CV
已经有4人回复
- 紧急求助!百度使用问题
已经有4人回复
bianyuan2680
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 13865.6
- 散金: 960
- 红花: 4
- 帖子: 1224
- 在线: 1013.9小时
- 虫号: 711847
- 注册: 2009-03-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
别的地方看来的 from: 作者：光着脚丫 1. 通过GaussSum打开Gauss的输出文件（log或out），选择MO.py，选择DOS。 2. 在Start和End中输入起始点的能量（eV），在FWHM中输入半峰宽。 3. 点击GaussSum 图标，稍等片刻，DOS图就做出来了。 此时在输出文件所在目录会自动生成一个名为gausssun1.0的文件夹，里面有orbital_data.txt和DOS_spectrum.txt，分别为轨道信息和DOS信息。如果要做PDOS（partial density of states spectra）的话，输入文件里需要用到这些关键词：pop=full iop(3/33=1,3/36=-1)，以便输出所需信息。并且需要准备一个groups.txt文件，格式如下： 片断1 片断1中所有原子的序号 片断2 片断2中所有原子的序号 片断3 片断3中所有原子的序号 需要注意的是 分子中的每个原子都必须列出，并且不能重复。 例如，对于[Ru(bpy)3]2+，可以写成这样： Ru 1 bpy1 2-11,14,17,22,27,34-35,42-43,50,57 bpy2 12,16,18-19,25-26,28-30,39-41,44-46,54-56,58,61 bpy3 13,15,20-21,23-24,31-33,36-38,47-49,51-53,59-60 接下来的操作和做DOS图一样。不同的是，做PDOS时，GaussSum需要计算每一部分对分子轨道的贡献，体系越大，需要等待的时间越长一些。 |
2楼2011-09-15 10:26:46
3楼2011-09-15 11:08:48
bianyuan2680
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 13865.6
- 散金: 960
- 红花: 4
- 帖子: 1224
- 在线: 1013.9小时
- 虫号: 711847
- 注册: 2009-03-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
youzhizhe: 建议引用回复。 2011-09-15 16:26:35
|
GaussSum文件夹目录下有个gnuplot400文件夹 GaussSum/gnuplot400/bin/pgnuplot.exe GaussSum源码有gnuplot，我不懂，就是问问 import string import os import sys import numpy import numpy.oldnumeric as Numeric from math import exp,log from Tkinter import * from plot import DisplayPlot from gnupy import Gnuplot from folder import folder from gausssum.utils import levelname from gausssum.utils import GaussianSpectrum from gausssum.utils import Groups def Popanalysis(root,screen,logfile,logfilename,start,end,COOP,FWHM,makeorigin,gnuplotexec): def DOSconvolute(orb_MPA,evalue): """Convolute the DOS spectrum""" heights =[x for x in numpy.swapaxes(orb_MPA,0,1)] spectrum = GaussianSpectrum(start, end, 1000, (evalue, heights), FWHM) return spectrum |
4楼2011-09-15 14:58:50
5楼2011-09-16 05:06:04
bianyuan2680
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 13865.6
- 散金: 960
- 红花: 4
- 帖子: 1224
- 在线: 1013.9小时
- 虫号: 711847
- 注册: 2009-03-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
有可能 6楼2011-09-16 08:30:25
4010808
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 3134.9
- 散金: 20
- 帖子: 107
- 在线: 164.4小时
- 虫号: 979662
- 注册: 2010-03-23
- 专业: 无机纳米化学
7楼2012-04-10 20:51:41
bianyuan2680
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 13865.6
- 散金: 960
- 红花: 4
- 帖子: 1224
- 在线: 1013.9小时
- 虫号: 711847
- 注册: 2009-03-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2012-04-10 22:04:49
4010808
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 3134.9
- 散金: 20
- 帖子: 107
- 在线: 164.4小时
- 虫号: 979662
- 注册: 2010-03-23
- 专业: 无机纳米化学
9楼2012-04-12 08:58:40
20