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bianyuan2680

至尊木虫 (著名写手)

[交流] GaussSum使用问题 已有2人参与

PDOS
计算单点能安使用说明的例子中加关键词POP=FULL IOP（9/33=1,9/36=-1）
PDOS还是不显示  不知道怎么回事，请教高手

COOP
To calculate the COOP spectrum, you need Groups.txt and a log file containing a full population analysis
是缺少什么？

看GaussSum源码有Gnuplot，打开Gnuplot不知道怎么用啊，菜鸟求助
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1楼 2011-09-15 10:10:44
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bianyuan2680

至尊木虫 (著名写手)
别的地方看来的
from: 作者：光着脚丫   1.  通过GaussSum打开Gauss的输出文件（log或out），选择MO.py，选择DOS。 2.  在Start和End中输入起始点的能量（eV），在FWHM中输入半峰宽。 3. 点击GaussSum 图标，稍等片刻，DOS图就做出来了。
此时在输出文件所在目录会自动生成一个名为gausssun1.0的文件夹，里面有orbital_data.txt和DOS_spectrum.txt，分别为轨道信息和DOS信息。如果要做PDOS（partial density of states spectra）的话，输入文件里需要用到这些关键词：pop=full iop(3/33=1,3/36=-1)，以便输出所需信息。并且需要准备一个groups.txt文件，格式如下： 片断1
片断1中所有原子的序号
片断2
片断2中所有原子的序号
片断3
片断3中所有原子的序号 需要注意的是 分子中的每个原子都必须列出，并且不能重复。
例如，对于[Ru(bpy)3]2+，可以写成这样：
Ru
1 bpy1
2-11,14,17,22,27,34-35,42-43,50,57
bpy2
12,16,18-19,25-26,28-30,39-41,44-46,54-56,58,61
bpy3 13,15,20-21,23-24,31-33,36-38,47-49,51-53,59-60 接下来的操作和做DOS图一样。不同的是，做PDOS时，GaussSum需要计算每一部分对分子轨道的贡献，体系越大，需要等待的时间越长一些。
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2楼2011-09-15 10:26:46
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bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-09-15 16:26:10
youzhizhe: 后面有对应的回复，请查看。 2011-09-15 16:26:53
gnuplot是一个画图工具，可以在网上找一下。但是gnuplot和你这个程序有什么关系吗？
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3楼2011-09-15 11:08:48
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bianyuan2680

至尊木虫 (著名写手)
youzhizhe: 建议引用回复。 2011-09-15 16:26:35
GaussSum文件夹目录下有个gnuplot400文件夹

GaussSum/gnuplot400/bin/pgnuplot.exe
GaussSum源码有gnuplot，我不懂，就是问问
import string
import os
import sys
import numpy
import numpy.oldnumeric as Numeric
from math import exp,log
from Tkinter import *
from plot import DisplayPlot
from gnupy import Gnuplot
from folder import folder
from gausssum.utils import levelname
from gausssum.utils import GaussianSpectrum
from gausssum.utils import Groups

def Popanalysis(root,screen,logfile,logfilename,start,end,COOP,FWHM,makeorigin,gnuplotexec):

    def DOSconvolute(orb_MPA,evalue):
        """Convolute the DOS spectrum"""

        heights =[x for x in numpy.swapaxes(orb_MPA,0,1)]
        
        spectrum = GaussianSpectrum(start, end, 1000,
                                    (evalue, heights),
                                    FWHM)
        return spectrum
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4楼2011-09-15 14:58:50
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bingmou

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我估计是用了gnuplot来画图，因为gnuplot在命令行下画图很强大
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5楼2011-09-16 05:06:04
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bianyuan2680

至尊木虫 (著名写手)
有可能
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6楼2011-09-16 08:30:25
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4010808

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1465948楼: Originally posted by bianyuan2680 at 2011-09-15 10:10:44:
PDOS
计算单点能安使用说明的例子中加关键词POP=FULL IOP（9/33=1,9/36=-1）
PDOS还是不显示  不知道怎么回事，请教高手

COOP
To calculate the COOP spectrum, you need Groups.txt and a log file conta ...

我也不显示PDOS,给出的还是DOS,望高人点拔
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7楼2012-04-10 20:51:41
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bianyuan2680

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4519739楼: Originally posted by 4010808 at 2012-04-10 20:51:41:
我也不显示PDOS,给出的还是DOS,望高人点拔

做单点能 加关键词 POP=FULL IOP(3/33=1,3/36=-1) 就可以了
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8楼2012-04-10 22:04:49
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4010808

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4519906楼: Originally posted by bianyuan2680 at 2012-04-10 22:04:49:
做单点能 加关键词 POP=FULL IOP(3/33=1,3/36=-1) 就可以了

软件bug 已解决
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9楼2012-04-12 08:58:40
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