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nnsulei

金虫 (正式写手)


[交流] 关于nucleotide binding(核酸结合位点)有谁知道?

本人获得一段氨基酸序列,是新物种的。想分析它的功能,不知道怎么找核酸结合位点nucleotide binding。谢谢。可以和其他物种比对查找吗?不知道是否保守呢,有个物种上的这段序列是结合位点,我这个物种上也有这段序列,能不能说这就是本物种的结合位点呢?   或者什么软件分析?
      谢谢!!!

[ Last edited by nnsulei on 2011-9-18 at 16:06 ]
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wanhscn

木虫 (职业作家)


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nnsulei(金币+5): 谢谢帮助! 2011-09-19 08:43:52
dhd997(金币+2): 继续鼓励 2011-09-19 14:25:16
1用软件分析,那是纸上谈兵,看起来像那么回事!
2有个物种上的这段序列是结合位点,那么你这个物种上也有这段序列,能不能说这就是本物种的结合位点呢?
可以,不过不能作为结论,可以作为讨论内容。
3两种实验方法分离核酸结合位点:
         1 DNA印迹法
         2 染色质免疫共沉淀 CHIP
  具体自己上网查查!
6楼2011-09-19 08:22:26
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wanhscn

木虫 (职业作家)


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nnsulei(金币+5): 2011-09-16 23:36:59
dhd997(金币+3): 2011-09-19 14:24:59
Softberry 可以分析蛋白质结构!
NCBI BlastN 可推测蛋白质的功能!
以及系统进化分析
2楼2011-09-15 08:44:45
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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
dhd997(金币+3): good 2011-09-19 07:53:07
nnsulei(金币+1): 谢谢。这个酶在其他物种里有被研究过,能不能根据其他物种的研究来推断我的酶的功能位点。在其他物种里这个酶的氨基酸序列里有nucleotide binding位点的几个 关键氨基酸,我想知道这个位点怎么找,是不是保守,另外它和nucleotide binding loop位点一样吗。谢谢! 2011-09-19 08:38:49
nnsulei(金币+5): 谢谢帮助!再送5个! 2011-09-19 08:39:22
1,你可以将你的序列进行初步的生物信息学分析,如果已经有相似序列被研究,则大致可以推知相关的功能;
2,如果是ATP/GTP等水解结构域,可以简单的测测酶活;不清楚你说的nucleotide binding什么意思
3,没有理解你的问题
5楼2011-09-18 23:39:05
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