| 查看: 4707 | 回复: 7 | |||
| 本帖产生 3 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
sybyl中的配体提取和准备问题
|
|||
|
本人做药化合成的，最近想用点设计的软件找点灵感，所以翻遍各大论坛，下软件，看视频，读教程，但是无奈没有人指导，遇到问题只能来求助了。 问题比较琐碎，请高手不吝赐教。 1，我做的靶点是个蛋白，从PDB下载下来的文件里，并没有真正意义上的配体，只有一些个天然的小分子底物，占据了两个较明显的疏水区域，这样在用sybyl做Surflex-Dock，Prepare大分子蛋白时，需要提取一个底物吗（其中一个天然底物小分子占据了其中一个疏水区域，推测药物作用的位置在这附近）？还是直接把所有的都删掉？ 2，第二步生成Protomol时，该选择什么模式？如果用Automatic的话，两个疏水区域都会被选中，太大了。如果上一步中留下那个天然底物当作“ligand”，选择Ligand模式，感觉又不是很精确。有文献报道药物作用位置在某个氨基酸附近的疏水区域，这样我选择Residues模式，半径该怎么定义？ 3，配体的准备。我从bindingDB下载下来一些sdf格式的分子库，需要选择什么模式进行Prepare？是不是Surflex_for_Searching？还有一个模式是Docking〉1_Conformation,什么情况下会用到？我每次用这个模式都提示错误，什么Fatal ！No output…… 4，对于配体的准备，只需要上面这个步骤吗？我看到视频教程里还有什么动力学什么多少步之类的，需要吗？ 问题琐碎，不要见笑哈。希望有朋友可以指教一下。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 计算各种马克 |
» 猜你喜欢
学科评审组评审是指会评吗？
已经有3人回复
-
面上合作单位盖章
已经有8人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有15人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 转：为分子对接做准备
已经有13人回复
icedreamer
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 439.2
- 红花: 2
- 帖子: 58
- 在线: 17.8小时
- 虫号: 1275745
- 注册: 2011-04-24
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
realkaka(金币+5): 2011-12-19 11:47:18
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-21 19:05:42
感谢参与，应助指数 +1
realkaka(金币+5): 2011-12-19 11:47:18
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-21 19:05:42
|
Threshold, is a factor determing how much the protomol can be buried in the protein. Increasing this number will decrease the volume. Using a very small number will greatly increase the time it takes to generate the protomol. Bloat, canbe used to inflate the protomol and include nearby crevies. 就是这两个参数....  |
6楼2011-12-19 09:06:23
2楼2011-09-11 20:42:58
icedreamer
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 439.2
- 红花: 2
- 帖子: 58
- 在线: 17.8小时
- 虫号: 1275745
- 注册: 2011-04-24
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-09-13 18:12:36
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-03 13:50:09
jiaoyixiong(金币+5): 感谢提供经验 2011-12-03 13:50:43
jiaoyixiong(金币+5): 感谢提供经验 2011-12-03 13:50:46
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢多次详细解答！ 2011-12-21 19:06:59
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-09-13 18:12:36
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-03 13:50:09
jiaoyixiong(金币+5): 感谢提供经验 2011-12-03 13:50:43
jiaoyixiong(金币+5): 感谢提供经验 2011-12-03 13:50:46
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢多次详细解答！ 2011-12-21 19:06:59
|
我和你做同样的研究，也是蛋白和小分子对接..... 1.既然你是用其它小分子配体对接，那当然是要把下载的蛋白里面自带的小分子给删除，这样才能把结合口袋暴露出来..... 2.在你已知结合口袋的情况下，请选择residue模式，这样就可以找到你所需要的promotol，radius的话无所谓，T值和B值要稍作调整以得到protomol,以得到最佳的对接得分..... 3.配体的准备我都是自己手绘的，基本没试用过ligand preparing，不好回答... 4.动力学模拟MD是同源模建一个模型后，检验所建模型的合理性和稳定性的步骤，与分子对接基本无关.... 只能回答这么多了，希望对你的实验有所帮助.....  |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
realkaka3楼2011-09-13 09:13:12
4楼2011-09-13 20:07:24
5
投票:
