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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl中的配体提取和准备问题
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realkaka

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+5, 模拟EPI+1): 感谢提供经验 2011-12-03 13:49:41
自己顶一顶。希望有朋友可以解答一二，或者给点建议。
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2楼2011-09-11 20:42:58
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智能机器人

Robot (super robot)

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icedreamer

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-09-13 18:12:36
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-03 13:50:09
jiaoyixiong(金币+5): 感谢提供经验 2011-12-03 13:50:43
jiaoyixiong(金币+5): 感谢提供经验 2011-12-03 13:50:46
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢多次详细解答！ 2011-12-21 19:06:59
我和你做同样的研究，也是蛋白和小分子对接.....
1.既然你是用其它小分子配体对接，那当然是要把下载的蛋白里面自带的小分子给删除，这样才能把结合口袋暴露出来.....
2.在你已知结合口袋的情况下，请选择residue模式，这样就可以找到你所需要的promotol，radius的话无所谓，T值和B值要稍作调整以得到protomol,以得到最佳的对接得分.....
3.配体的准备我都是自己手绘的，基本没试用过ligand preparing，不好回答...
4.动力学模拟MD是同源模建一个模型后，检验所建模型的合理性和稳定性的步骤，与分子对接基本无关....
只能回答这么多了，希望对你的实验有所帮助.....
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realkaka
3楼2011-09-13 09:13:12
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
realkaka(金币+5): thank you 2011-12-20 09:10:20
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 已经在板块看见PSA回答问题，授予EPI表示感情，呵呵 2011-12-21 19:07:35
引用回帖:
1楼: Originally posted by realkaka at 2011-09-09 14:28:37:
本人做药化合成的，最近想用点设计的软件找点灵感，所以翻遍各大论坛，下软件，看视频，读教程，但是无奈没有人指导，遇到问题只能来求助了。

问题比较琐碎，请高手不吝赐教。
1，我做的靶点是个蛋白，从PDB下 ...

从PDB下载下来的文件里，并没有真正意义上的配体，只有一些个天然的小分子底物

这个靶点的共晶结构很少吗，如果可以的话你应该找个对你对接最有利的PDB code.
请参考并批评指正：
下载蛋白与配体小分子复合物（在linux系统下，应用sybyl8.0_surflex docking）
Step 1:
Extract ligand
首先打开复合物的pdb文件，edit/extract/atoms/monomers/substructers/choosing ligand/ok，出现M2：/ok，然后edit/name molecules(define ref_name)，file/save as/ok
通过上述方法配体提取完毕。
将提出的配体按照加氢，能量优化，name molecules, save as，这样得到我们用来进行对接的配体小分子lig_extract.mol2

通过这种方式来验证一下对接的可靠性。
Step 2:
Preparation protein
首先edit/delete/substructures(比如，水分子，以及不需要的杂原子等)，接下来是Biopolymer/prepare structure/structure preparation tool/analyze selected structure/add hydrogen, add charges(kollman uni, ligand(none), water无)，然后先name molecule, 再save as
通过上述方法蛋白准备完毕。

Step 3:
Surflex_docking
Applications/docking suite/dock ligands/define(第一次同样的东西，先自定义)，目的是读入上步准备的蛋白，然后定义活性位点有三种方式，像有配体小分子的可以选择ligand, 然后读入提取的配体小分子，Generate/ok，接下来读入配体分子，可以将多个分子之前读进来，用mol areas选近来，这样就可以进行对接了。

可以将结果存成PDB,用pymol显示结果
Step 4:
Show hydrogen bond
View/display H-Bonds/dynamics
View/undisplay atom/atoms/monomers/choose aa with H-bond/invert
View/display style/label/substructure/atoms/monomers(选中aa残基)


祝你好运
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7楼2011-12-19 16:25:40
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