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muzi-052

金虫 (初入文坛)

[求助] 菌种生理生化特性

从土壤中筛到一株菌,从菌落形态和生长时间确定是放线菌,但是做发酵条件优化时发现在发酵2天时就已经有代谢产物了,3天以后基本达到最大,按放线菌一般生长周期来看,产次级代谢产物应该是在5天以后啊。提取16srDNA,做pcr跑胶确定条带后拿去测序,每次都说没有条带而测序不成功,请问大家如果我要做菌种鉴定,该怎么做呢?谢谢大家了。
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by muzi-052 at 2011-09-07 23:42:07:
嗯,之前是先做的一些生理生化特性,然后提16s,pcr条带很亮送去的,测序公司不是说没有条带就是反应弱,都反复好多次了啊,也换了测序公司,但结果还是不理想,没测出来,如果污染了,怎么去除DNA酶呢?谢谢指教 ...

如果污染了DNA酶就加上蛋白酶消化一下试试,我一般污染了就不用了,重新提取DNA
4楼2011-09-09 16:09:19
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

muzi-052(金币+5): 谢谢了,还请能继续指教啊 2011-09-07 23:44:43
放线菌多数都有明显的土腥味,不能仅仅靠菌落形态和生长时间就确定是放线菌了。
你跑16s,自己电泳有条带吗?要很亮才能测出来的,测序公司说你的PCR产物没条带,有可能是你的PCR产物污染了DNA酶在寄送过程中把产物降解了,但是,也很有可能是测序公司的人不负责任不给你好好跑电泳,我送去测序的样品有时候很淡的条带测序公司可以测出来,有时候很亮的条带他却说有套峰!!
2楼2011-09-07 23:06:45
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muzi-052

金虫 (初入文坛)

嗯,之前是先做的一些生理生化特性,然后提16s,pcr条带很亮送去的,测序公司不是说没有条带就是反应弱,都反复好多次了啊,也换了测序公司,但结果还是不理想,没测出来,如果污染了,怎么去除DNA酶呢?谢谢指教了。
为了到达明天,今夜就要启程!
3楼2011-09-07 23:42:07
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