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muzi-052

金虫 (初入文坛)

[求助] 菌种生理生化特性

从土壤中筛到一株菌，从菌落形态和生长时间确定是放线菌，但是做发酵条件优化时发现在发酵2天时就已经有代谢产物了，3天以后基本达到最大，按放线菌一般生长周期来看，产次级代谢产物应该是在5天以后啊。提取16srDNA，做pcr跑胶确定条带后拿去测序，每次都说没有条带而测序不成功，请问大家如果我要做菌种鉴定，该怎么做呢？谢谢大家了。
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为了到达明天，今夜就要启程！
1楼 2011-09-07 21:55:03
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muzi-052

金虫 (初入文坛)
嗯，之前是先做的一些生理生化特性，然后提16s，pcr条带很亮送去的，测序公司不是说没有条带就是反应弱，都反复好多次了啊，也换了测序公司，但结果还是不理想，没测出来，如果污染了，怎么去除DNA酶呢？谢谢指教了。
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为了到达明天，今夜就要启程！
3楼2011-09-07 23:42:07
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

muzi-052(金币+5): 谢谢了，还请能继续指教啊 2011-09-07 23:44:43
放线菌多数都有明显的土腥味，不能仅仅靠菌落形态和生长时间就确定是放线菌了。
你跑16s，自己电泳有条带吗？要很亮才能测出来的，测序公司说你的PCR产物没条带，有可能是你的PCR产物污染了DNA酶在寄送过程中把产物降解了，但是，也很有可能是测序公司的人不负责任不给你好好跑电泳，我送去测序的样品有时候很淡的条带测序公司可以测出来，有时候很亮的条带他却说有套峰！！
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2楼2011-09-07 23:06:45
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by muzi-052 at 2011-09-07 23:42:07:
嗯，之前是先做的一些生理生化特性，然后提16s，pcr条带很亮送去的，测序公司不是说没有条带就是反应弱，都反复好多次了啊，也换了测序公司，但结果还是不理想，没测出来，如果污染了，怎么去除DNA酶呢？谢谢指教 ...

如果污染了DNA酶就加上蛋白酶消化一下试试，我一般污染了就不用了，重新提取DNA
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4楼2011-09-09 16:09:19
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