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microz

新虫 (初入文坛)

[求助] 重叠PCR克隆大片段

因为基因组GC含量很高,有一个3000bp的大片段怎么也扩增不出来。

想分成两段,采用重叠PCR试试。

问一下重叠部分最短20bp,最长能有多少?是否没有限制?

或者我分别克隆两个片段,这两个片段之间有几百bp的重叠,是否依然能实现PCR扩增?

[ Last edited by microz on 2011-9-1 at 20:45 ]
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2楼2011-09-01 21:22:51
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microz

新虫 (初入文坛)

没人做过吗?

求解答
3楼2011-09-05 21:02:42
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

GC含量高,我以前用的是KOD专门扩高级结构的(可扩10K),测序的时候也是送到大连宝生物的,150元一个反应。
重叠20bp太少,就怕你们老板不信结果。
真相是最大的奢侈品
4楼2011-09-05 21:09:53
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瓶儿花

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wanhscn(金币+3): ok 2011-09-05 21:19:13
可以重叠的,重叠一般可以到200bp左右,GC含量高的话就用TAKARA的LA Taq酶扩就可以了。长的片段一般是采用分段扩增的方式,再拼凑起来。一般每一段都做下TA克隆,克隆到T载体上效果比较好,直接PCR结果扩的话可能会信号不大好。我是做链霉菌的,GC含量非常的高,就是用的TAKARA的LA Taq酶扩增的,目的片段为2400bp,分三段来扩,每一段约为1000bp,每次测序都正反方向测通,防止因测序信号不好而造成的碱基错误。测序好了再用软件拼接就可以得到完整的基因的序列了。
5楼2011-09-05 21:15:47
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