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飞翔的诗人

银虫 (小有名气)

[求助] 1.5kb的 PCR目的序列GC含量高达67%,引物Tm值达90℃,怎么P比较好?

本人根据目的序列的CDS区设计出引物,由于目的序列本身GC含量达67%,设计出的引物GC含量也超过了60%,oligo给出的两条引物的Tm值均在90℃左右,其推荐的退火温度为68.4℃(最高72度),
上游 5'-tcGAATTCatgtcccagc ccgacgccac cccgtt-3' (EcoR I酶切位点)
下游 5'-tctAAGCTTtcaggctccg gcccggttga ggacg-3'(Hind III酶切位点)
oligo最后给引物的PCR评价没问题,不过这么高的GC含量,该怎么P比较好?如果是用带GC缓冲液的Taq酶,梯度PCR反应条件该如何设计?
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飞翔的诗人

银虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 空谷幽风 at 2011-08-29 18:58:49:
能调的话就尽量调低点

引物中保护碱基和酶切位点加起来共9个碱基,目的序列选了22个碱基(所以引物是31个),这样引物Tm值稍微低点也有88度,而目的序列如果选25个碱基的话,Tm值就有90几度了。问了下师兄说前面保护碱基和酶切位点是9个的话,后面的目的序列一般要25个以上,但考虑到Tm温度还是只选了22 个,我的目的序列是1.5kb大,不知道行不行啊。
13楼2011-08-29 19:28:51
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
飞翔的诗人(金币+10): 5 2011-08-29 14:49:28
西瓜(金币+3): Good 2011-08-29 17:50:35
1.建议你把保护碱基的数量增加到4-5个
2.你说的GC缓冲液我没用过,不过你可以在扩增体系中加入DMSO,扩增程序可以这么设置看看行不行:
96℃  5min
96℃  30s
63℃  20s
72℃  2min
设置30个循环,每个循环降0.2
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
2楼2011-08-29 13:19:19
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飞翔的诗人

银虫 (小有名气)

谢谢你的回复,有几个问题再问下,首先是为什么要加上4-5个保护碱基,还有加入DMSO起了什么作用,每个循环降0.2是指退火温度降0.2度吗?
3楼2011-08-29 14:56:14
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

呵呵,我们做的物种GC含量平均还在66%左右!
jiayoubashaonian
4楼2011-08-29 14:58:08
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