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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫

[求助] 旋光值计算结果分析

本人在波长589nm下计算旋光,但是结果和实验值有点差距,可能是计算值和实验值的单位和浓度不一样,我想问问计算值给出的结果是比旋光度吗?如何得来的,

w=    0.000000 a.u., Optical Rotation Beta=     -0.2141 au.
Molar Mass =    308.3304 grams/mole, [Alpha]D =      -26.84 deg.
G' tensor for W=    0.077357:
  7.37664212-15.65843256 -9.02937206
26.58281053 -6.75150182 -7.26231548
  0.61589955  1.31519761  0.17403044
w=    0.077357 a.u., Optical Rotation Beta=     -0.2664 au.
Molar Mass =    308.3304 grams/mole, [Alpha] ( 5890.0 A) =      -33.43 deg.
G*W tensor for W=    0.077357:

实验值是-13
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫

引用回帖:
3楼: Originally posted by libugou at 2013-12-03 23:26:04
本虫是一个gaussian盲,现正尝试计算手性分子的“旋光度”,可是用Gaussian提交了好几次,结果都是计算自动中止。现看到“旋光值计算结果分析 ”,故请问虫友kekexiliwolf,能否较详细的说明一下计算旋光度时,如何 ...

polar=optrot cphf=rdfreq b3lyp/6-31g(d) scrf=(pcm,solvent=methanol)  #计算方法
计算文件最后空一行输入频率,常用的钠灯是0.077357,别的自己换算,然后再空两行就可以了
我们在为了文章而搞科研
4楼2013-12-04 08:43:59
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gougaozhan

至尊木虫 (职业作家)

busy

【答案】应助回帖

kekexiliwolf(金币+3): 非常感谢,受益匪浅 2011-08-29 08:09:40
引用回帖:
1楼: Originally posted by kekexiliwolf at 2011-08-28 11:48:03:
本人在波长589nm下计算旋光,但是结果和实验值有点差距,可能是计算值和实验值的单位和浓度不一样,我想问问计算值给出的结果是比旋光度吗?如何得来的,

w=    0.000000 a.u., Optical Rotation Beta=     -0 ...

可见计算得到的是-33那个,589nm。这差别不算大,最主要的是符号要相同。因为在实验中一是溶剂,二是温度等等条件,而计算是在气相。肯定会由影响。另外计算所用基组方法的那个也会由影响。还有就是实验也没有标出ee值。

参见如下:
第一,由于采用的基组不是完备基组,计算精度不够高,第二,计算的假定条件为气相孤立分子,气相孤立分子的分子间距较大,而实验测定则在溶液中,分子间距较近,此外,计算的旋光度仅是最稳定构象体的,还有一些亚稳定的构象体,原则上需要采用波子曼分布来求各种可能构象体的旋光度贡献总和。第三,在实验上测定旋光度时,没有指出过量对映异构体的(ee,Excess Enantiomer)含量,也没有指出光学异构体之间能否相互转化。如果样品含有一定量的外消旋体,测定的旋光度定然会偏小。
^_^不要生气||要争气,不要看破||要突破,不要嫉妒||要欣赏,不要托延||要积极,不要心动||要行动^_^
2楼2011-08-28 21:11:50
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libugou

金虫 (正式写手)

本虫是一个gaussian盲,现正尝试计算手性分子的“旋光度”,可是用Gaussian提交了好几次,结果都是计算自动中止。现看到“旋光值计算结果分析 ”,故请问虫友kekexiliwolf,能否较详细的说明一下计算旋光度时,如何提交高斯的命令。非常感谢!
3楼2013-12-03 23:26:04
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libugou

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by kekexiliwolf at 2013-12-04 08:43:59
polar=optrot cphf=rdfreq b3lyp/6-31g(d) scrf=(pcm,solvent=methanol)  #计算方法
计算文件最后空一行输入频率,常用的钠灯是0.077357,别的自己换算,然后再空两行就可以了...

非常感谢楼主kekexiliwolf及时的回复!
我对用Gaussian程序直接提交工作任务很不熟悉,因此想继续问您几个用GaussianView提交工作任务的几个问题:
1.是不是计算ECD(电子圆二色谱)和ORD(旋光度或比旋光度)时, “Job tye”选项的下拉菜单中,都必须选“Frequency”?
2. Gaussian中文手册关于“Freq”计算中有一句话:“推荐的方法是在前一个几何优化的结构上,使用同样的方法进行频率计算。”我们在做结构优化时,“Method“第一个选项的下拉菜单中,选择的是“Ground State”。我想问:在计算ECD和ORD时,是否必须选“Ground State”,还是也可以选“TD-SCF”?
3. 在计算ORD时,在“additional keywords”中输入“Polar=OptRot,cphf=rdfreq ”,还是只输入“Polar=OptRot”就可以了?
4. 如果只想计算589nm波长下的ORD,如何在additional keywords输入相关的数值?是输入5890.0(您的计算结果中以A(埃)为单位的数值),还是输入0.077357(您提到的“常用的钠灯是0.077357”的数值)?
5.您提到的“常用的钠灯是0.077357”的数值,请问能否告知这个数值和589nm这个值之间的转换关系?
6. 读过“Gaussian中文手册”,“Exploring Chemistry with Electronic Structure Method”,还有郭勇的“高斯使用指南”,这些书中关于如何计算ECD和ORD的内容非常少,不知道楼主能否分享一些这方面计算的资料?或者给点建议也行?

本人知识浅薄,问题有点多,可能还非常肤浅,但是求助无门,只能向楼主求救了!
5楼2013-12-04 14:48:38
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