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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 旋光值计算结果分析
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫

[求助] 旋光值计算结果分析

本人在波长589nm下计算旋光，但是结果和实验值有点差距，可能是计算值和实验值的单位和浓度不一样，我想问问计算值给出的结果是比旋光度吗？如何得来的，

w=    0.000000 a.u., Optical Rotation Beta=     -0.2141 au.
Molar Mass =    308.3304 grams/mole, [Alpha]D =      -26.84 deg.
G' tensor for W=    0.077357:
  7.37664212-15.65843256 -9.02937206
26.58281053 -6.75150182 -7.26231548
  0.61589955  1.31519761  0.17403044
w=    0.077357 a.u., Optical Rotation Beta=     -0.2664 au.
Molar Mass =    308.3304 grams/mole, [Alpha] ( 5890.0 A) =      -33.43 deg.
G*W tensor for W=    0.077357:

实验值是-13
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我们在为了文章而搞科研
1楼 2011-08-28 11:48:03
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gougaozhan

至尊木虫 (职业作家)

busy

【答案】应助回帖

kekexiliwolf(金币+3): 非常感谢，受益匪浅 2011-08-29 08:09:40
引用回帖:
1楼: Originally posted by kekexiliwolf at 2011-08-28 11:48:03:
本人在波长589nm下计算旋光，但是结果和实验值有点差距，可能是计算值和实验值的单位和浓度不一样，我想问问计算值给出的结果是比旋光度吗？如何得来的，

w=    0.000000 a.u., Optical Rotation Beta=     -0 ...

可见计算得到的是-33那个，589nm。这差别不算大，最主要的是符号要相同。因为在实验中一是溶剂，二是温度等等条件，而计算是在气相。肯定会由影响。另外计算所用基组方法的那个也会由影响。还有就是实验也没有标出ee值。

参见如下：
第一，由于采用的基组不是完备基组，计算精度不够高，第二，计算的假定条件为气相孤立分子，气相孤立分子的分子间距较大，而实验测定则在溶液中，分子间距较近，此外，计算的旋光度仅是最稳定构象体的，还有一些亚稳定的构象体，原则上需要采用波子曼分布来求各种可能构象体的旋光度贡献总和。第三，在实验上测定旋光度时，没有指出过量对映异构体的（ee，Excess Enantiomer）含量，也没有指出光学异构体之间能否相互转化。如果样品含有一定量的外消旋体，测定的旋光度定然会偏小。
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^_^不要生气||要争气，不要看破||要突破，不要嫉妒||要欣赏，不要托延||要积极，不要心动||要行动^_^
2楼2011-08-28 21:11:50
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libugou

金虫 (正式写手)
本虫是一个gaussian盲，现正尝试计算手性分子的“旋光度”，可是用Gaussian提交了好几次，结果都是计算自动中止。现看到“旋光值计算结果分析 ”，故请问虫友kekexiliwolf，能否较详细的说明一下计算旋光度时，如何提交高斯的命令。非常感谢！
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3楼2013-12-03 23:26:04
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kekexiliwolf

金虫 (正式写手)

小屁虫
引用回帖:
3楼: Originally posted by libugou at 2013-12-03 23:26:04
本虫是一个gaussian盲，现正尝试计算手性分子的“旋光度”，可是用Gaussian提交了好几次，结果都是计算自动中止。现看到“旋光值计算结果分析 ”，故请问虫友kekexiliwolf，能否较详细的说明一下计算旋光度时，如何 ...

polar=optrot cphf=rdfreq b3lyp/6-31g(d) scrf=(pcm,solvent=methanol)  #计算方法
计算文件最后空一行输入频率，常用的钠灯是0.077357，别的自己换算，然后再空两行就可以了
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我们在为了文章而搞科研
4楼2013-12-04 08:43:59
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libugou

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kekexiliwolf at 2013-12-04 08:43:59
polar=optrot cphf=rdfreq b3lyp/6-31g(d) scrf=(pcm,solvent=methanol)  #计算方法
计算文件最后空一行输入频率，常用的钠灯是0.077357，别的自己换算，然后再空两行就可以了...

非常感谢楼主kekexiliwolf及时的回复！
我对用Gaussian程序直接提交工作任务很不熟悉，因此想继续问您几个用GaussianView提交工作任务的几个问题：
1.是不是计算ECD(电子圆二色谱)和ORD(旋光度或比旋光度)时， “Job tye”选项的下拉菜单中，都必须选“Frequency”?
2. Gaussian中文手册关于“Freq”计算中有一句话：“推荐的方法是在前一个几何优化的结构上，使用同样的方法进行频率计算。”我们在做结构优化时，“Method“第一个选项的下拉菜单中，选择的是“Ground State”。我想问：在计算ECD和ORD时，是否必须选“Ground State”，还是也可以选“TD-SCF”?
3. 在计算ORD时，在“additional keywords”中输入“Polar=OptRot，cphf=rdfreq ”，还是只输入“Polar=OptRot”就可以了？
4. 如果只想计算589nm波长下的ORD，如何在additional keywords输入相关的数值？是输入5890.0（您的计算结果中以A（埃）为单位的数值），还是输入0.077357（您提到的“常用的钠灯是0.077357”的数值）？
5.您提到的“常用的钠灯是0.077357”的数值，请问能否告知这个数值和589nm这个值之间的转换关系？
6. 读过“Gaussian中文手册”，“Exploring Chemistry with Electronic Structure Method”，还有郭勇的“高斯使用指南”，这些书中关于如何计算ECD和ORD的内容非常少，不知道楼主能否分享一些这方面计算的资料？或者给点建议也行？

本人知识浅薄，问题有点多，可能还非常肤浅，但是求助无门，只能向楼主求救了！
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5楼2013-12-04 14:48:38
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daiyang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by libugou at 2013-12-04 14:48:38
非常感谢楼主kekexiliwolf及时的回复！
我对用Gaussian程序直接提交工作任务很不熟悉，因此想继续问您几个用GaussianView提交工作任务的几个问题：
1.是不是计算ECD(电子圆二色谱)和ORD(旋光度或比旋光度)时， “ ...

请问一下你的问题都解决了吗？可以跟我讲讲是如何用高斯计算旋光性的吗，给我一个高斯输入文件就可以了，灰常感谢！
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marchon,on,on!
6楼2015-05-11 12:19:36
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daiyang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kekexiliwolf at 2013-12-04 08:43:59
polar=optrot cphf=rdfreq b3lyp/6-31g(d) scrf=(pcm,solvent=methanol)  #计算方法
计算文件最后空一行输入频率，常用的钠灯是0.077357，别的自己换算，然后再空两行就可以了...

你好，可以给我一个计算旋光性的输入文件吗
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marchon,on,on!
7楼2015-05-11 12:21:58
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by libugou at 2013-12-04 14:48:38
非常感谢楼主kekexiliwolf及时的回复！
我对用Gaussian程序直接提交工作任务很不熟悉，因此想继续问您几个用GaussianView提交工作任务的几个问题：
1.是不是计算ECD(电子圆二色谱)和ORD(旋光度或比旋光度)时， “ ...

帮回答：
1、不是
2、分情况
3、前者
4、5、这是原子单位，请查相关资料
6、ECD、ORD本人不是很熟，但高斯入门后凭网上能搜到的资料很快上手是没问题的

重复一个建议：
输入文件中，除了分子结构用GV来画，其它部分都自己手写，不然如依靠GV或网友模板，永远都是未入门的水平。
如果觉得自己没必要学这些东西，那就干脆一点都不学，计算全部外包出去，合作也好出钱也好，这样自己和帮你的人都省心。

不是批评您，你的学习态度还是非常好的，但至少包括本人在内的大部分网友已经没有动力重复“Exploring Chemistry with Electronic Structure Method”以及高斯说明书上的内容了，你需要的是身边一个权威性的、随时能告诉你翻哪本书哪几页的师兄/师姐
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8楼2015-05-12 18:23:32
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
完了，发现跟着挖坟了！
各位原谅，特别是libugou网友，大约已经是老鸟了吧
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9楼2015-05-12 18:25:56
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远志小草

木虫 (正式写手)
您好，我计算的一个化合物，带-OH的，R构型和S都是正的旋光值，并且比较大，怎么办啊？S是443，R是371 ，怎么办？
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10楼2016-03-02 15:10:07
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