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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS的溶剂可及面积以及其他
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lizzie_su

木虫 (小有名气)

[求助] DS的溶剂可及面积以及其他

本人不是做模拟的，问题小白~基础小白~
目前用的DS visualizer 2.0
想要看看某个蛋白中的某个残基是否暴露在溶剂中，于是就用了solvent accessibility~
请问这设置个参数有讲究吗，是不是默认值就好？还有，它算的是带配体的还是不带配体的。如果在选中的时候去掉配体，那做出来的溶剂可及面积就是去掉配体之后的溶剂可及面积吗？
或者说我能不能直接计算某个残基的PKa呢？估计这个会很复杂~~
还有，superimpose 这个选项之下又很多唉~
常用哪个？
每个的适用范全回答玩的，当然多答多金币啦~
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1楼 2011-08-16 20:56:24
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lizzie_su

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qixingbao07 at 2011-08-18 08:56:53:
Protocols就是files、tools和protocol中的protocol，在左上方部分，你好好找找
点开，双击Electrostatics
然后，双击Calculate Protein Ionization and Residue pK

同求截图~
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7楼2011-08-18 09:04:49
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qixingbao07

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lizzie_su(金币+15): 谢谢~ 2011-08-17 19:40:47
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-08-18 08:55:31
默认值就行
他算得只是蛋白质残基，不算配体
In the Protocols Explorer, expand the Electrostatics folder and double-click Calculate Protein Ionization and Residue pK. 算算pka
以上只是个人观点，不对之处见谅
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-08-17 09:17:55
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lizzie_su

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qixingbao07 at 2011-08-17 09:17:55:
默认值就行
他算得只是蛋白质残基，不算配体
In the Protocols Explorer, expand the Electrostatics folder and double-click Calculate Protein Ionization and Residue pK. 算算pka
以上只是个人观点，不对 ...

In the Protocols Explorer, expand the Electrostatics folder and double-click Calculate Protein Ionization and Residue pK. 算算pka
这个也是在DS里面的吗？我把菜单都下拉过了，没有找到唉。能详细说吗？
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3楼2011-08-17 19:43:45
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-08-18 08:55:44
lizzie_su(金币+15): 多谢~ 2011-08-18 09:01:10
先看看您的DS左侧，有没有Protocol这个小标题；
再看看您的DS状态栏，如果写的是Server:none，那就说明您的DS没有Protocol。
Protocol需要PipeLine Pilot的支持。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-08-18 08:26:21
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