应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS的溶剂可及面积以及其他
131/2返回列表12下一页
查看: 1884  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lizzie_su

木虫 (小有名气)

[求助] DS的溶剂可及面积以及其他

本人不是做模拟的，问题小白~基础小白~
目前用的DS visualizer 2.0
想要看看某个蛋白中的某个残基是否暴露在溶剂中，于是就用了solvent accessibility~
请问这设置个参数有讲究吗，是不是默认值就好？还有，它算的是带配体的还是不带配体的。如果在选中的时候去掉配体，那做出来的溶剂可及面积就是去掉配体之后的溶剂可及面积吗？
或者说我能不能直接计算某个残基的PKa呢？估计这个会很复杂~~
还有，superimpose 这个选项之下又很多唉~
常用哪个？
每个的适用范全回答玩的，当然多答多金币啦~
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Discovery Studio 常见问题及使用教程

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-08-16 20:56:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qixingbao07

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lizzie_su(金币+15): 谢谢~ 2011-08-17 19:40:47
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-08-18 08:55:31
默认值就行
他算得只是蛋白质残基，不算配体
In the Protocols Explorer, expand the Electrostatics folder and double-click Calculate Protein Ionization and Residue pK. 算算pka
以上只是个人观点，不对之处见谅
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-08-17 09:17:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizzie_su

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qixingbao07 at 2011-08-17 09:17:55:
默认值就行
他算得只是蛋白质残基，不算配体
In the Protocols Explorer, expand the Electrostatics folder and double-click Calculate Protein Ionization and Residue pK. 算算pka
以上只是个人观点，不对 ...

In the Protocols Explorer, expand the Electrostatics folder and double-click Calculate Protein Ionization and Residue pK. 算算pka
这个也是在DS里面的吗？我把菜单都下拉过了，没有找到唉。能详细说吗？
赞一下 回复此楼
3楼2011-08-17 19:43:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-08-18 08:55:44
lizzie_su(金币+15): 多谢~ 2011-08-18 09:01:10
先看看您的DS左侧，有没有Protocol这个小标题；
再看看您的DS状态栏，如果写的是Server:none，那就说明您的DS没有Protocol。
Protocol需要PipeLine Pilot的支持。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-08-18 08:26:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qixingbao07

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lizzie_su(金币+10): 多谢多谢 2011-08-18 09:05:06
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-08-20 23:17:14
lizzie_su(金币+10): 2011-08-26 09:42:02
Protocols就是files、tools和protocol中的protocol，在左上方部分，你好好找找
点开，双击Electrostatics
然后，双击Calculate Protein Ionization and Residue pK
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-08-18 08:56:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizzie_su

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yalefield at 2011-08-18 08:26:21:
先看看您的DS左侧，有没有Protocol这个小标题；
再看看您的DS状态栏，如果写的是Server:none，那就说明您的DS没有Protocol。
Protocol需要PipeLine Pilot的支持。

(⊙o⊙)…楼上能否截图？
赞一下 回复此楼
6楼2011-08-18 09:01:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizzie_su

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qixingbao07 at 2011-08-18 08:56:53:
Protocols就是files、tools和protocol中的protocol，在左上方部分，你好好找找
点开，双击Electrostatics
然后，双击Calculate Protein Ionization and Residue pK

同求截图~
回复此楼
7楼2011-08-18 09:04:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qixingbao07

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

lizzie_su(金币+15): 谢谢帮助啊~ 2011-08-19 11:21:43
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/18205647.html
看看行不行
赞一下 回复此楼
8楼2011-08-19 10:53:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lizzie_su

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by qixingbao07 at 2011-08-19 10:53:52:
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/18205647.html
看看行不行

没有这个~是版本的问题吗？还是要再下载或是加载什么东西呢？
赞一下 回复此楼
9楼2011-08-19 11:23:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qixingbao07

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lizzie_su(金币+15): 万分感谢！！！ 2011-08-19 15:56:33
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-08-20 23:17:30
你需要下载完整版本。
你现在用的 visualizer 不是完整版本。
http://www.verycd.com/topics/2819485/
为下载地址
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-08-19 13:15:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lizzie_su 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +3 chengyan1220 2026-08-21 3/150 2026-08-21 12:11 by llionlee007
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 18/900 2026-08-21 11:53 by wuchongjun
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 7/350 2026-08-21 11:45 by 6543yes
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:35 by CaoLG
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭