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DS的溶剂可及面积以及其他
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本人不是做模拟的，问题小白~基础小白~ 目前用的DS visualizer 2.0 想要看看某个蛋白中的某个残基是否暴露在溶剂中，于是就用了solvent accessibility~ 请问这设置个参数有讲究吗，是不是默认值就好？还有，它算的是带配体的还是不带配体的。如果在选中的时候去掉配体，那做出来的溶剂可及面积就是去掉配体之后的溶剂可及面积吗？ 或者说我能不能直接计算某个残基的PKa呢？估计这个会很复杂~~ 还有，superimpose 这个选项之下又很多唉~ 常用哪个？ 每个的适用范全回答玩的，当然多答多金币啦~ |
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qixingbao07
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yalefield
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4楼2011-08-18 08:26:21
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lizzie_su(金币+15): 谢谢帮助啊~ 2011-08-19 11:21:43
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9楼2011-08-19 11:23:24
qixingbao07
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lizzie_su(金币+15): 万分感谢！！！ 2011-08-19 15:56:33
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-08-20 23:17:30
lizzie_su(金币+15): 万分感谢！！！ 2011-08-19 15:56:33
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-08-20 23:17:30
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你需要下载完整版本。 你现在用的 visualizer 不是完整版本。 http://www.verycd.com/topics/2819485/ 为下载地址 |
10楼2011-08-19 13:15:49
