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DS的溶剂可及面积以及其他
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本人不是做模拟的，问题小白~基础小白~ 目前用的DS visualizer 2.0 想要看看某个蛋白中的某个残基是否暴露在溶剂中，于是就用了solvent accessibility~ 请问这设置个参数有讲究吗，是不是默认值就好？还有，它算的是带配体的还是不带配体的。如果在选中的时候去掉配体，那做出来的溶剂可及面积就是去掉配体之后的溶剂可及面积吗？ 或者说我能不能直接计算某个残基的PKa呢？估计这个会很复杂~~ 还有，superimpose 这个选项之下又很多唉~ 常用哪个？ 每个的适用范全回答玩的，当然多答多金币啦~ |
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