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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于进化树
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happywoheni

铁虫 (小有名气)

[求助] 关于进化树

我的酶基因克隆出来了，只知道DNA序列，可以做进化树吗？用mega做，是输这个酶基因序列还是翻译后的蛋白序列，还是菌株的基因组啊？
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【分子生物】EPI帖

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1楼 2011-08-14 15:17:12
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xbl3688

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
happywoheni(金币+1): 2011-08-14 16:10:41
西瓜(金币+1): 欢迎交流 2011-08-14 18:32:45
是都可以做进化树的
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生活的乐趣在于善于发现美，学会欣赏美
2楼2011-08-14 16:09:17
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happywoheni

铁虫 (小有名气)
我用的是酶的DNA序列，好像是Neighbor-Joining，它和用DNAMAN比对后的结果表达的意思一样吗？
我还不太明白进化树反映什么？同源性反映什么？哎，找个明白人问问就好了
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3楼2011-08-14 16:12:34
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cauzhangtao

木虫 (正式写手)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励 2011-08-14 18:32:57
请看这个
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4楼2011-08-14 17:24:46
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happywoheni

铁虫 (小有名气)
没做表达，基因也可以做进化树吗？可以写进文章吗？
基因翻译出来的蛋白质预测二级结构，能写进文章吗？
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5楼2011-08-14 18:04:14
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416114799

至尊木虫 (知名作家)
进化树就是反应各序列间的相似度啊，比如保守序列多少，特殊学列多少，然后进行比较，根据已有的规定，可以将不同的序列进行比对，相似度小的进化距离就远，简单说呢，就是保守序列越多，说明越古老。同源性的意思就是它们之间有多少是保守序列，即“来源相同”之表意。
至于做进化树，用DNA可以做，用protein也可以做，但是得根据情况来定，我们上学期有上生物信息学这门课，有说到这些东西，一般用DNA做会比较准确，因为蛋白质毕竟是翻译后的东西，已经省略了很多非编码序列。
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
6楼2011-08-15 09:43:52
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416114799

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by happywoheni at 2011-08-14 18:04:14:
没做表达，基因也可以做进化树吗？可以写进文章吗？
基因翻译出来的蛋白质预测二级结构，能写进文章吗？

不做表达做的进化树更准确呢，一般都是以16S rDNA来做遗传分析的DNA，如前面说，翻译后的蛋白质序列是“截短”的。
蛋白质二级结构的话，得看你是做什么目的了，你是要验证什么呢？是基因的功能么？还只是简单的分析其进化程度？如果是基因功能，蛋白质二级结构是必须做的，如果只是分析进化程度，就没有必要了
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
7楼2011-08-15 09:46:54
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+6, MolEPI+1): 以上几楼，一并奖励！ 2011-08-15 13:12:45
而且，你这里的进化树做出来要说明什么啊？你只是酶基因的克隆而已，要使进化树有意义，你与酶没有很大关系啊，进化树一般用于比对不同物种间的进化关系，酶基因的进化树做出来顶多只能说明这个酶与其他酶有多少相似性
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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
8楼2011-08-15 09:51:17
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