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happywoheni

铁虫 (小有名气)

[求助] 关于进化树

我的酶基因克隆出来了,只知道DNA序列,可以做进化树吗?用mega做,是输这个酶基因序列还是翻译后的蛋白序列,还是菌株的基因组啊?
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xbl3688

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


happywoheni(金币+1): 2011-08-14 16:10:41
西瓜(金币+1): 欢迎交流 2011-08-14 18:32:45
是都可以做进化树的
生活的乐趣在于善于发现美,学会欣赏美
2楼2011-08-14 16:09:17
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happywoheni

铁虫 (小有名气)

我用的是酶的DNA序列,好像是Neighbor-Joining,它和用DNAMAN比对后的结果表达的意思一样吗?
我还不太明白进化树反映什么?同源性反映什么?哎,找个明白人问问就好了
3楼2011-08-14 16:12:34
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cauzhangtao

木虫 (正式写手)

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励 2011-08-14 18:32:57
请看这个
4楼2011-08-14 17:24:46
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happywoheni

铁虫 (小有名气)

没做表达,基因也可以做进化树吗?可以写进文章吗?
基因翻译出来的蛋白质预测二级结构,能写进文章吗?
5楼2011-08-14 18:04:14
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

进化树就是反应各序列间的相似度啊,比如保守序列多少,特殊学列多少,然后进行比较,根据已有的规定,可以将不同的序列进行比对,相似度小的进化距离就远,简单说呢,就是保守序列越多,说明越古老。同源性的意思就是它们之间有多少是保守序列,即“来源相同”之表意。
至于做进化树,用DNA可以做,用protein也可以做,但是得根据情况来定,我们上学期有上生物信息学这门课,有说到这些东西,一般用DNA做会比较准确,因为蛋白质毕竟是翻译后的东西,已经省略了很多非编码序列。
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
6楼2011-08-15 09:43:52
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by happywoheni at 2011-08-14 18:04:14:
没做表达,基因也可以做进化树吗?可以写进文章吗?
基因翻译出来的蛋白质预测二级结构,能写进文章吗?

不做表达做的进化树更准确呢,一般都是以16S rDNA来做遗传分析的DNA,如前面说,翻译后的蛋白质序列是“截短”的。
蛋白质二级结构的话,得看你是做什么目的了,你是要验证什么呢?是基因的功能么?还只是简单的分析其进化程度?如果是基因功能,蛋白质二级结构是必须做的,如果只是分析进化程度,就没有必要了
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
7楼2011-08-15 09:46:54
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+6, MolEPI+1): 以上几楼,一并奖励! 2011-08-15 13:12:45
而且,你这里的进化树做出来要说明什么啊?你只是酶基因的克隆而已,要使进化树有意义,你与酶没有很大关系啊,进化树一般用于比对不同物种间的进化关系,酶基因的进化树做出来顶多只能说明这个酶与其他酶有多少相似性
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
8楼2011-08-15 09:51:17
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