| 查看: 2386 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
chinayhb金虫 (正式写手)
|
[求助]
gromacs做mdrun中出现Segmentation fault
|
|
|
我用gromacs做MD之前先做一个EM，可总是出现Segmentation fault，求助高手帮忙解决. 命令行为： grompp -f minim.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr mdrun -v -deffnm em 错误结果如下： Starting 8 threads Loaded with Money Making 2D domain decomposition 4 x 2 x 1 Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.3# Back Off! I just backed up em.edr to ./#em.edr.3# Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 50000 Segmentation fault1.0e-03 nm, Epot= nan Fmax= 5.40951e+30, atom= 388 我的minim.mdp文件就是copy的例子中的： ; minim.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂 有机化学考研356分
已经有12人回复
-
299求调剂
已经有8人回复
-
复试调剂
已经有5人回复
-
284求调剂
已经有9人回复
-
材料科学与工程求调剂
已经有11人回复
-
考研调剂
已经有8人回复
-
304求调剂
已经有11人回复
-
一志愿武理材料工程302调剂环化或化工
已经有7人回复
-
080200专业277分，求带走！
已经有3人回复
-
311（085601）求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- GROMACS运行出错了，求助中
已经有15人回复
- ssh端gromacs无法运行
已经有5人回复
- ssh上运行程序出现segmentation fault
已经有6人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- 【求助】mdrun 之后出现segmentation fault 怎么解决？
已经有6人回复
小五bbboy
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 357.2
- 沙发: 1
- 帖子: 63
- 在线: 5.1小时
- 虫号: 5096513
- 注册: 2016-10-08
- 专业: 膜生物化学与膜生物物理学
4楼2020-08-19 22:22:18
chinayhb2楼2011-08-13 10:45:38
chinayhb
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2516.1
- 散金: 28
- 帖子: 328
- 在线: 157.4小时
- 虫号: 991954
- 注册: 2010-04-08
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2011-08-14 08:29:44
