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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs做mdrun中出现Segmentation fault
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chinayhb

金虫 (正式写手)

[求助] gromacs做mdrun中出现Segmentation fault

我用gromacs做MD之前先做一个EM，可总是出现Segmentation fault，求助高手帮忙解决.
命令行为：
grompp -f minim.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
mdrun -v -deffnm em
错误结果如下：

Starting 8 threads
Loaded with Money

Making 2D domain decomposition 4 x 2 x 1

Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.3#

Back Off! I just backed up em.edr to ./#em.edr.3#

Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =        50000
Segmentation fault1.0e-03 nm, Epot=          nan Fmax= 5.40951e+30, atom= 388

我的minim.mdp文件就是copy的例子中的：
; minim.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator        = steep                ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol                = 1000.0          ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
emstep          = 0.01          ; Energy step size
nsteps                = 50000                  ; Maximum number of (minimization) steps to perform

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist                = 1                ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
ns_type                = grid                ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist                = 1.0                ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype        = PME                ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb        = 1.0                ; Short-range electrostatic cut-off
rvdw                = 1.0                ; Short-range Van der Waals cut-off
pbc                = xyz                 ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
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事非宜　勿轻诺　苟轻诺　进退错
1楼 2011-08-12 16:36:21
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gromacs

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-08-13 11:29:51
检查你的力场和初始文件，原子之间如atom=388靠的太近或者力场参数写错了，以至于两个原子之间的力太大（Fmax= 5.40951e+30）而崩溃
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

chinayhb
"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
2楼2011-08-13 10:45:38
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chinayhb

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by gromacs at 2011-08-13 10:45:38:
检查你的力场和初始文件，原子之间如atom=388靠的太近或者力场参数写错了，以至于两个原子之间的力太大（Fmax= 5.40951e+30）而崩溃

我也是刚用gromacs做MD，不知道该怎么检查力场和初始文件，怎么才能发现不合适啊？也不知道怎么修改，希望你能说仔细点，谢谢了。
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事非宜　勿轻诺　苟轻诺　进退错
3楼2011-08-14 08:29:44
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小五bbboy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chinayhb at 2011-08-14 08:29:44
我也是刚用gromacs做MD，不知道该怎么检查力场和初始文件，怎么才能发现不合适啊？也不知道怎么修改，希望你能说仔细点，谢谢了。...

请问怎么查看力场文件这些正不正确？解决问题了吗？

发自小木虫IOS客户端
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4楼2020-08-19 22:22:18
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