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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何加入Vasp TST Tools，vtstcode按照说明加入，但是vtstscripts怎么用起来？
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slz0811

木虫 (小有名气)

[求助] 如何加入Vasp TST Tools，vtstcode按照说明加入，但是vtstscripts怎么用起来？

按照网站的说明做的。
首先下载解压Tar files  Version 2.04, July 11, 2011
VTST Code: vtstcode.tar.gz
VTST Scripts: vtstscripts.tar.gz
找到 main.F
Find and replace:
      CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
           LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
with
      CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
          TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
--------------------------------------------------------------------------------
然后修改makefile

Replace the line
  tet.o  hamil.o  steep.o   \
with the lines
         tet.o      hamil.o    steep.o  dimer.o  dynmat.o  neb.o  lanczos.o  instanton.o \
         sd.o       cg.o       qm.o     lbfgs.o  bfgs.o  fire.o   opt.o   \
The objects dynmat.o, neb.o, dimer.o, lanczos.o, and instanton.o must be in the SOURCE list before chain.o appears. The optimizer objects, sd.o, cg.o, qm.o, lbfgs.o, bfgs.o, and fire.o must appear before the optimizer driver opt.o. Nothing else needs to be done. This code will not change the working of any other part of vasp.
上述不知对否，大家看看，指导下。



vtstscripts怎么用起来

我把vtstscripts.tar.gz 解压出来，加了权限。往下就不知怎么做了，大家指导下。
SCRIPTS
--------------------------------------------------------------------------------
The following are a set of scripts to perform common tasks to help with VASP calculations, and particularly with transition state finding. The included Vasp.pm perl module contains several simple routines that are used by many of the scripts.
Download the scripts: vtstscripts.tar.gz
Install by uncompressing this file, and adding the vtstscripts directory to your path.    ???

nebmake.pl    nebmovie.pl   这都需要用到啊。
可是输入命令却显示找不到
[sss@node249 100]# nebmake.pl POSCAR.IS POSCAR.FS 4
-bash: nebmake.pl: command not found
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逢山开路，遇水搭桥。
1楼2011-08-11 16:39:53
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuli8 at 2011-08-11 18:53:59
adding the vtstscripts directory to your path.

加入环境变量。我的是.bashrc（隐藏文件）加入这样一句：
export PATH=/export/home/**/vtstscripts:$PATH
PATH=后你你的vtstscripts的目录的路径不能写错了

大师，我想问您一下，vasp中，怎么运行nebmake.pl脚本呢？我已经把脚本下载下来了，但是打不开，也不会用，求指点。。
赞一下(1人) 回复此楼
慢慢的思考。。。
10楼2014-02-24 16:06:06
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普通回帖

wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
slz0811(金币+10): 谢谢，基本能了。试算下。 2011-08-11 21:29:37
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-08-12 17:31:28
adding the vtstscripts directory to your path.

加入环境变量。我的是.bashrc（隐藏文件）加入这样一句：
export PATH=/export/home/**/vtstscripts:$PATH
PATH=后你你的vtstscripts的目录的路径不能写错了
赞一下(1人) 回复此楼
…………
2楼2011-08-11 18:53:59
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slz0811

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuli8 at 2011-08-11 18:53:59:
adding the vtstscripts directory to your path.

加入环境变量。我的是.bashrc（隐藏文件）加入这样一句：
export PATH=/export/home/**/vtstscripts:$PATH
PATH=后你你的vtstscripts的目录的路径不能写错了

自己自学vasp，也没人指导，只能在小木虫求助啦。
问题都很简单。

1，以前用的castep，这个算出来直接能看到反应的活化能......那vasp怎么获取活化能呢，OUTCAR里有？还是怎么计算？
2，计算频率，是不是INCAR里把 IBRION = 5 ，或者还要改啥？怎么分析？
3，静态计算，态密度，这些INCAR怎么写。您给发个例子吧，谢谢。
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逢山开路，遇水搭桥。
3楼2011-08-12 16:34:00
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢提示 2011-08-13 10:54:01
建议看看侯老师的vasp的简明教程，先有个大体的了解再进行计算。
vasp网站上的handon教程也不错，有理论有联系，有助于入门。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-08-12 17:29:41
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xiongb123456

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
1158955楼: Originally posted by slz0811 at 2011-08-11 16:39:53
按照网站的说明做的。
首先下载解压Tar files  Version 2.04, July 11, 2011
VTST Code: vtstcode.tar.gz
VTST Scripts: vtstscripts.tar.gz
找到 main.F
Find and replace:
      CALL CHAIN_FORCE(T_I ...

我也想编译我的vasp
解压了VTST Code: vtstcode.tar.gz
VTST Scripts: vtstscripts.tar.gz
可是我怎么没有找到 main.F 呐？
请问这个文件在何处呐？谢谢
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5楼2012-06-27 10:28:35
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西西弗斯二世

新虫 (初入文坛)
我的vasp已经成功装好了 但是后来老板让我学习做NEB过渡态计算方面 那么我是应该直接将vtstcode 直接在已经装好的vasp目录下解压 修改就可以   还是要将vtstcode复制到vasp下 然后再解压修改重新安装vasp才可以用呢
赞一下 回复此楼
6楼2012-11-02 11:13:46
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西西弗斯二世

新虫 (初入文坛)
求解啊 谢谢各位大侠了
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7楼2012-11-02 11:14:20
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liuliuji

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 西西弗斯二世 at 2012-11-02 11:13:46
我的vasp已经成功装好了 但是后来老板让我学习做NEB过渡态计算方面 那么我是应该直接将vtstcode 直接在已经装好的vasp目录下解压 修改就可以   还是要将vtstcode复制到vasp下 然后再解压修改重新安装vasp才可以用呢...

你好，请问你的问题解决了吗，我现在也遇到这个问题了
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8楼2013-10-22 08:28:20
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西西弗斯二世

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuliuji at 2013-10-22 04:28:20
你好，请问你的问题解决了吗，我现在也遇到这个问题了...

没有呢 后来老板又让我换方向了 不做NEB了  祝你好运
赞一下 回复此楼
9楼2013-10-22 10:03:06
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