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lasteye金虫 (小有名气)
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请教：结构生物学的研究手段NMR和单晶衍射方法哪个更可靠？
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本人是做药化的，在阅读文献的过程中发现，抗癌药物epothilone A核磁共振和单晶衍射得到的微管蛋白结合构象不一致，文献见附件。就目前epothilone的构效关系研究数据来看，NMR模型更可靠一些。 我想请教一下做结构生物学的专家，这两种实验手段得到的同一个小分子的结合构象为何会出现这样大的差别？难道现在广泛采用的NMR和单晶衍射解析手段得到的结构不见得完全可靠？谢谢！ NMR： Teresa Carlomagno, et al. The High-Resolution Solution Structure of Epothilone ABound to Tubulin: An Understanding of the Structure–Activity Relationships for a Powerful Class of Antitumor Agents. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 2511-2515. 单晶衍射： James H. Nettles, et al. The Binding Mode of Epothilone A on α,ß-Tubulin by Electron Crystallography. Science, 2004, 305, 866-869.[ Last edited by lasteye on 2011-8-3 at 12:57 ] |
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| 我觉得同一个蛋白用两种不同的方法解析出来不同的构象是非常有可能的，X-ray 晶体衍射依赖于获得可衍射的晶体，而晶体的生长所需要的溶液以及沉淀剂和NRM时蛋白所处的溶液大有区别。蛋白在不同的buffer中构象难免会有变化，所以用这两种方法获得的数据，解析出来难免会有所差异，差异的双方都可能是正确的，并没有谁对谁错。如果要刨根问底的话，蛋白在细胞中是出于一种可溶状态的，你体外结晶获得的结构真的是蛋白在体内的真实结构么？ |
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