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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教：结构生物学的研究手段NMR和单晶衍射方法哪个更可靠？
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lasteye

金虫 (小有名气)

[求助] 请教：结构生物学的研究手段NMR和单晶衍射方法哪个更可靠？

本人是做药化的，在阅读文献的过程中发现，抗癌药物epothilone A核磁共振和单晶衍射得到的微管蛋白结合构象不一致，文献见附件。就目前epothilone的构效关系研究数据来看，NMR模型更可靠一些。

我想请教一下做结构生物学的专家，这两种实验手段得到的同一个小分子的结合构象为何会出现这样大的差别？难道现在广泛采用的NMR和单晶衍射解析手段得到的结构不见得完全可靠？谢谢！

NMR：
Teresa Carlomagno, et al. The High-Resolution Solution Structure of Epothilone
ABound to Tubulin: An Understanding of the Structure–Activity Relationships for a Powerful Class of Antitumor Agents. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 2511-2515.

单晶衍射：
James H. Nettles, et al. The Binding Mode of Epothilone A on α,ß-Tubulin by Electron Crystallography. Science, 2004, 305, 866-869.[ Last edited by lasteye on 2011-8-3 at 12:57 ]
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1楼2011-08-03 11:50:49
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adslye

银虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by brightfuture01 at 2011-08-04 12:29:52:
我觉得同一个蛋白用两种不同的方法解析出来不同的构象是非常有可能的，X-ray 晶体衍射依赖于获得可衍射的晶体，而晶体的生长所需要的溶液以及沉淀剂和NRM时蛋白所处的溶液大有区别。蛋白在不同的buffer中构象难免 ...

前辈的回答我很感兴趣。我以前是学化学的，没做过这方面。
所以想问下：
1.因为小分子化合物结晶后，它的内部结构是固定的，（但我没研究过不同溶剂，一般都是水溶液。）也因此它的很多性质是很稳定的。比如：熔点固定，我们通过晶体的熔点来鉴别化合物。
所以，我的问题是：大分子的蛋白晶体构像会随着buffer不同而改变吗？（这类实验应该有专门的buffer吧，加入特殊物质，除去干扰）如果是的话这一类的研究不是很头疼这个问题。辛苦结晶出来的只是一种存在形式。

2.最后，偷偷懒。能大概1，,2句话描述下蛋白结晶的过程吗？嘿嘿~~
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9楼2011-08-04 16:57:38
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adslye

银虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by whb8161 at 2011-08-04 13:45:55:
我浏览了一下你的参考文献，那篇Science的文章用的是Electron Crystallography而不是X-ray Crystallography，拿到的分辨率不如NMR的高，因此是可能出错的。如果是X-ray的话应该是可靠的。

您可否对这篇文章做个小小的读后感。我想对于这个问题很多虫子都不懂我们都非常希望能听听前辈的观点。
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10楼2011-08-04 16:59:45
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adslye

银虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by brightfuture01 at 2011-08-04 23:57:16:
所以，我的问题是：大分子的蛋白晶体构像会随着buffer不同而改变吗？（这类实验应该有专门的buffer吧，加入特殊物质，除去干扰）如果是的话这一类的研究不是很头疼这个问题。辛苦结晶出来的只是一种存在形式。
...

谢了，懂了！
原来Nature级别的文章就是这样来滴（记得以前发蛋白结构是这档次的文章）~~嘿嘿
祝兄弟大paper越来越多哈！
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13楼2011-08-05 08:44:36
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