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xiaoyingw

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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专业: 生物物理化学

[求助] mdrun 后坐标变成这样了？

我用gromacs4.5.2 ,隐式溶剂，跑50ps,
中间没报错，顺利跑完后gro 文件就变成这样了：
solute in water
7525
2MOL    O1 1    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL    C2 2    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL    C3 3    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL    O4 4    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL    C5 5    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL    O6 6    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL    C7 7    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL    C8 8    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL    C9 9    nan    nan    nan    nan    nan    nan
2MOL C10 10    nan    nan    nan    nan    nan    nan
……
log文件开始就成这样了：
  Step          Time       Lambda
            0       0.00000       0.00000

Grid: 9 x 8 x 10 cells
Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Ryckaert-Bell.GB Polarization  Nonpolar Sol.
2.01408e+03 5.98962e+03 1.86174e+04          nan 1.63157e+03
      LJ-14    Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR)
8.09928e+03 9.72085e+04 2.69912e+06 -2.53109e+00          nan
   Potential Kinetic En. Total Energy Temperature Pres. DC (bar)
         nan          nan          nan          nan -1.55606e-02
Pressure (bar)
         nan

请问大家这是什么情况呀？怎么解决呀？

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向前冲！！！

1楼 2011-07-16 15:51:41

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qphll

金虫 (正式写手)

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专业: 碳素材料与超硬材料

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金币+15): 2011-09-24 08:50:40

尝试输出最初的几十步, 看看你的体系能量是否合理. 有可能输出的浮点数值超出合理的范围了. 这有可能是你的初始结构不够理想 (可以先尝试minimize一下?), 或者你的PBC设置不对, 有粒子跑离了盒子, 但是你又让程序计算的时候包括所有的粒子.

总之, 初始结构不理想, 很快就能看到nan; PBC不对, 可能前面跑得好好的, 但是后来忽然出现nan.

另外, 如果gromacs的编译有问题的话, 也有可能会出现nan的错误.

Hope it helps a bit.