| 查看: 1006 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
xiaoyingw金虫 (小有名气)
|
[求助]
mdrun 后坐标变成这样了？
|
|
|
我用gromacs4.5.2 ,隐式溶剂，跑50ps, 中间没报错，顺利跑完后gro 文件就变成这样了： solute in water 7525 2MOL O1 1 nan nan nan nan nan nan 2MOL C2 2 nan nan nan nan nan nan 2MOL C3 3 nan nan nan nan nan nan 2MOL O4 4 nan nan nan nan nan nan 2MOL C5 5 nan nan nan nan nan nan 2MOL O6 6 nan nan nan nan nan nan 2MOL C7 7 nan nan nan nan nan nan 2MOL C8 8 nan nan nan nan nan nan 2MOL C9 9 nan nan nan nan nan nan 2MOL C10 10 nan nan nan nan nan nan …… log文件开始就成这样了： Step Time Lambda 0 0.00000 0.00000 Grid: 9 x 8 x 10 cells Energies (kJ/mol) Bond Angle Ryckaert-Bell.GB Polarization Nonpolar Sol. 2.01408e+03 5.98962e+03 1.86174e+04 nan 1.63157e+03 LJ-14 Coulomb-14 LJ (SR) Disper. corr. Coulomb (SR) 8.09928e+03 9.72085e+04 2.69912e+06 -2.53109e+00 nan Potential Kinetic En. Total Energy Temperature Pres. DC (bar) nan nan nan nan -1.55606e-02 Pressure (bar) nan 请问大家这是什么情况呀？怎么解决呀？ |
回复此楼» 猜你喜欢
085602调剂 初试总分335
已经有10人回复
-
081700学硕，323分，一志愿中国海洋大学求调剂学校
已经有12人回复
-
085410人工智能 初试316分 求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有10人回复
-
353求调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
材料化工306分找合适调剂
已经有11人回复
-
调剂
已经有8人回复
-
工科求调剂
已经有13人回复
-
复试调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 好郁闷啊 就这样被拒了
已经有41人回复
- 求解论文中的不均匀的横坐标如何做？？？（附图求真相）
已经有9人回复
- under review直接变成awaiting desicion是什么情况？
已经有27人回复
- 打算不用公式编辑器了，在word中直接输入，这样不用转成JPG了吧？
已经有11人回复
- 格式试剂引发后，变成乳白色粘稠状，不好搅拌，为什么？
已经有4人回复
- 请问一下我这样的科研背景可以申请去哪里的博后容易一些，对口一些
已经有20人回复
- 学院这样做，我该怎么办？
已经有20人回复
- 【求助】originpro 画图时，能不能将其中某一纵坐标着重显示
已经有8人回复
- 后处理中display时如何指定坐标面？
已经有5人回复
- origin这样的坐标刻度怎么设置
已经有3人回复
- 文献插图中纵坐标无单位，表示为a.u.什么意思，数据处理成这样的方法
已经有11人回复
- 【求助】玻碳电极在铁氰化钾里面的的循环伏安曲线怎么会变成这样？求分析
已经有17人回复
- 【求助】单层石墨烯建模后，K点坐标选取?
已经有14人回复
- 请帮我看看这样的非等比例坐标是什么意思?
已经有9人回复
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 1850.4
- 散金: 1918
- 红花: 8
- 帖子: 812
- 在线: 220.2小时
- 虫号: 0
- 注册: 2009-03-18
- 专业: 理论和计算化学
3楼2011-09-22 16:50:11
shengxiang
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 805.5
- 散金: 2572
- 红花: 9
- 帖子: 1460
- 在线: 154.1小时
- 虫号: 800854
- 注册: 2009-06-29
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2011-09-21 10:16:05
qphll
金虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2708.7
- 散金: 2294
- 红花: 8
- 帖子: 554
- 在线: 227.1小时
- 虫号: 89654
- 注册: 2005-08-29
- 性别: GG
- 专业: 碳素材料与超硬材料
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金币+15): 2011-09-24 08:50:40
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金币+15): 2011-09-24 08:50:40
|
尝试输出最初的几十步, 看看你的体系能量是否合理. 有可能输出的浮点数值超出合理的范围了. 这有可能是你的初始结构不够理想 (可以先尝试minimize一下?), 或者你的PBC设置不对, 有粒子跑离了盒子, 但是你又让程序计算的时候包括所有的粒子. 总之, 初始结构不理想, 很快就能看到nan; PBC不对, 可能前面跑得好好的, 但是后来忽然出现nan. 另外, 如果gromacs的编译有问题的话, 也有可能会出现nan的错误. Hope it helps a bit. |
4楼2011-09-23 02:15:42
