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xiaoyingw金虫 (小有名气)
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mdrun 后坐标变成这样了？
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我用gromacs4.5.2 ,隐式溶剂，跑50ps, 中间没报错，顺利跑完后gro 文件就变成这样了： solute in water 7525 2MOL O1 1 nan nan nan nan nan nan 2MOL C2 2 nan nan nan nan nan nan 2MOL C3 3 nan nan nan nan nan nan 2MOL O4 4 nan nan nan nan nan nan 2MOL C5 5 nan nan nan nan nan nan 2MOL O6 6 nan nan nan nan nan nan 2MOL C7 7 nan nan nan nan nan nan 2MOL C8 8 nan nan nan nan nan nan 2MOL C9 9 nan nan nan nan nan nan 2MOL C10 10 nan nan nan nan nan nan …… log文件开始就成这样了： Step Time Lambda 0 0.00000 0.00000 Grid: 9 x 8 x 10 cells Energies (kJ/mol) Bond Angle Ryckaert-Bell.GB Polarization Nonpolar Sol. 2.01408e+03 5.98962e+03 1.86174e+04 nan 1.63157e+03 LJ-14 Coulomb-14 LJ (SR) Disper. corr. Coulomb (SR) 8.09928e+03 9.72085e+04 2.69912e+06 -2.53109e+00 nan Potential Kinetic En. Total Energy Temperature Pres. DC (bar) nan nan nan nan -1.55606e-02 Pressure (bar) nan 请问大家这是什么情况呀？怎么解决呀？ |
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shengxiang
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2楼2011-09-21 10:16:05
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【答案】应助回帖
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御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金币+15): 2011-09-24 08:50:40
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-09-23 21:57:03
xiaoyingw(金币+15): 2011-09-24 08:50:40
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尝试输出最初的几十步, 看看你的体系能量是否合理. 有可能输出的浮点数值超出合理的范围了. 这有可能是你的初始结构不够理想 (可以先尝试minimize一下?), 或者你的PBC设置不对, 有粒子跑离了盒子, 但是你又让程序计算的时候包括所有的粒子. 总之, 初始结构不理想, 很快就能看到nan; PBC不对, 可能前面跑得好好的, 但是后来忽然出现nan. 另外, 如果gromacs的编译有问题的话, 也有可能会出现nan的错误. Hope it helps a bit. |
4楼2011-09-23 02:15:42