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木羊易

银虫 (小有名气)

[交流] 关于真菌鉴定的问题

正在鉴定一株真菌，18s rDNA和ITS测序比对，显示和地丝霉属同源性很近，99%以上。检索地丝霉属是子囊菌门，子囊菌门应该都有隔膜的！但显微观察该菌却没有隔膜，不知该如何分类？附上图片





[ Last edited by 木羊易 on 2011-7-15 at 20:34 ]
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1楼 2011-07-15 20:27:07
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木羊易

银虫 (小有名气)
孢子
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2楼2011-07-15 20:29:21
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fanliang1389

荣誉版主 (文坛精英)
★
木羊易(金币+2):谢谢参与
不知道，。重新划个板试试看》？？
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5楼2011-07-16 09:55:30
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fanliang1389

荣誉版主 (文坛精英)
★
木羊易(金币+2):谢谢参与
希望一切顺利
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6楼2011-07-16 09:55:46
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冰鱼儿

金虫 (正式写手)
★
木羊易(金币+2):谢谢参与
你这是拿什么拍的啊？
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8楼2011-07-16 11:34:16
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
★
木羊易(金币+2):谢谢参与
再仔细观察一下，会不会是隔膜不明显，没有注意到？
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9楼2011-07-16 11:59:47
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rijiefu

铜虫 (初入文坛)
★
木羊易(金币+2):谢谢参与
你在仔细看看吧！
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10楼2011-07-16 20:54:43
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 冰鱼儿 at 2011-07-16 11:34:16:
你这是拿什么拍的啊？

相机微距！
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11楼2011-07-16 21:41:50
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-07-16 11:59:47:
再仔细观察一下，会不会是隔膜不明显，没有注意到？

应该是没有隔膜！下一步准备染色试试
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12楼2011-07-16 21:44:19
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-07-16 11:59:47:
再仔细观察一下，会不会是隔膜不明显，没有注意到？

请问通产您都是怎么鉴定真菌的！好像现在的分类系统一直在变的，半知菌门好像都没有了！您能介绍一本书或者给些资料么！关于真菌鉴定真是头疼
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13楼2011-07-16 21:52:07
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-07-16 11:59:47:
再仔细观察一下，会不会是隔膜不明显，没有注意到？

您觉得维基百科上说的可靠么
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E7 ... 6%E7%B1%BB%E8%A1%A8
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14楼2011-07-16 21:54:24
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1220608920

木虫 (正式写手)
★
木羊易(金币+2):谢谢参与
ITS在真菌鉴定方面是比较可靠的，只要你整个操作没有问题，结论应该是可信的
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15楼2011-07-17 11:11:54
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rgh2011

捐助贵宾 (著名写手)
★
木羊易(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by 木羊易 at 2011-07-15 20:27:07:
正在鉴定一株真菌，18s rDNA和ITS测序比对，显示和地丝霉属同源性很近，99%以上。检索地丝霉属是子囊菌门，子囊菌门应该都有隔膜的！但显微观察该菌却没有隔膜，不知该如何分类？附上图片
[eimg]fe/e4/775985_131 ...

没有隔的是低等的霉菌  有隔的是高等的
你观察孢子梗和孢子的形态，找找和哪种霉菌的最相似

你的鉴定结果显示  有没有和其它的种类的同源性比较高的   在99% 以上的
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16楼2011-07-18 14:17:23
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刘文瑶

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
没染色，看不清隔膜吧！隔膜可能是透明的
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17楼2011-07-18 17:06:26
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ITS有可能以讹传讹，在传序列上NCBI的时候是什么菌种可以自己填写的，假如比对的时候碰上一个不负责任的序列就麻烦了。
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18楼2011-07-18 18:16:01
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jxwangya

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
看孢子形态有点想木霉菌属的真菌,可能是
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19楼2011-07-19 22:45:58
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2011-07-18 18:16:01:
ITS有可能以讹传讹，在传序列上NCBI的时候是什么菌种可以自己填写的，假如比对的时候碰上一个不负责任的序列就麻烦了。

也就是说，如果不考虑ncbi上鉴定是否正确，its同源性高，还是可以认定为一个属的，可以这样认为么！如果已经发表文章的可信么！
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20楼2011-07-20 13:42:21
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20025405

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
多大倍数的观察啊
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21楼2011-07-20 16:58:23
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 20025405 at 2011-07-20 16:58:23:
多大倍数的观察啊

10X100和10X40！您能提些建议么
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22楼2011-07-20 17:24:24
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
amisking(金币+3, EPI+1): 鼓励应助 2011-07-20 20:33:54
引用回帖:
Originally posted by 木羊易 at 2011-07-20 13:42:21:
也就是说，如果不考虑ncbi上鉴定是否正确，its同源性高，还是可以认定为一个属的，可以这样认为么！如果已经发表文章的可信么！

NCBI上的序列长短不一，有的是完全包括两个间隔区，有的不是。我曾经用自己筛选得到的青霉的一条序列上去比对，发现18S和28S的区间都不好区分，这说明了两个可能性：
1、真菌的18S和28S也是有很大很大的变异性的，使得它们的基因与间隔区的界限都不清晰，这显然不可能。
2、很多科研工作者已提交到NCBI上的序列在测定的时候就已经出错，导致递交了不正确的序列，而NCBI的员工是不负责鉴定序列是否正确，只会接收而已。其实真菌的18S和28S也是没有多大变异性的，问题出在测序上。
3、在向NCBI提交序列时，序列来源的微生物是提交者自己填写的，可以写属也可以写种，但是NCBI的员工不会追究这一项数据的准确性，所以有的提交者就写了种，但是其实并没有通过更详细的手段来鉴定到种，甚至有可能是自以为是某个种就填写。以后的提交者比对上这条不准确的序列时，可能又以其为标准来鉴定自己的菌株，这就是一错百错，以讹传讹。
4、微生物的种的鉴定并不是仅依靠ITS，况且ITS存在不确定性，所以还应该以其它手段来鉴定，ITS只是辅助手段。即使是已经发表了文章的也不算，不是不可信，而是不算。
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木羊易
23楼2011-07-20 19:20:43
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木羊易

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2011-07-20 19:20:43:
NCBI上的序列长短不一，有的是完全包括两个间隔区，有的不是。我曾经用自己筛选得到的青霉的一条序列上去比对，发现18S和28S的区间都不好区分，这说明了两个可能性：
1、真菌的18S和28S也是有很大很大的变异性 ...

谢谢！您说的其他手段都包括什么呢！检索时您以什么资料为准呢？感谢的您的帮助
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24楼2011-07-21 08:22:55
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by 木羊易 at 2011-07-21 08:22:55:
谢谢！您说的其他手段都包括什么呢！检索时您以什么资料为准呢？感谢的您的帮助

例如生理生化，主要是看对多种物质的利用情况如何，与数据库中的资料比对，可以确定
http://wenku.baidu.com/view/c7466b1ca300a6c30c229f2a.html
http://www.docin.com/p-114079002.html

用16S鉴定可以到属，这一项数据是应该获得的。

用扫描电镜观察和测量孢子、孢子梗、菌丝形态和大小，与模式菌株比较。

上述三项至少可以得到两项，最好三项全得，发表文章把握就大了。
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25楼2011-07-21 17:05:33
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jinkui960 at 2011-07-16 11:59:47:
再仔细观察一下，会不会是隔膜不明显，没有注意到？

谢谢您，经过仔细观察，应该是有隔膜的，确实不太明显
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26楼2011-07-25 17:18:47
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
有些像木霉？不过不确定...
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27楼2011-07-25 22:41:54
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madengyu

禁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
28楼2011-07-31 10:40:49
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
28楼: Originally posted by madengyu at 2011-07-31 10:40:49:
我有一株丝状真菌，打算鉴定一下是什么种，联系了两家鉴定公司，都是北京的，大约费用是400元左右。不知你是自己做的鉴定还是找的公司？

鉴定到种么！400块钱不贵啊！我是自己做的，不过要当心菌株被偷
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29楼2011-07-31 23:09:55
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su3535

新虫 (初入文坛)
★
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换种制片方法观察
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30楼2011-08-10 11:14:05
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
29楼: Originally posted by 木羊易 at 2011-07-31 23:09:55:
鉴定到种么！400块钱不贵啊！我是自己做的，不过要当心菌株被偷

被偷倒不至于，因为对方不知道这个菌株的用途，菌株的用途很多的，产酶只是其中之一，而且产什么酶产量如何也不知道，所以偷来也没用。
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31楼2011-08-11 07:40:53
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wuyan263

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
通常真菌的保守序列有三个，我认为为确保实验的准确性你可以在鉴定下
28S rDNA。另外，你的鉴定结果中只提到属，ITS序列的鉴定应该是可以确定到种的，同属的不同种其形态可能是有差异。而且，菌体在生长的过程中形态是可能变化的，建议你取不同生理时期的菌体做一下扫描电镜。希望能对你有所帮助！
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32楼2011-08-11 09:15:10
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scienceybj

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
菌种的鉴定最好依据遗传物质检测，如果看形态学特征，往往不典型，因为菌体在生长的过程中形态是变化的，而且显微镜的分辨率也影响你的观察结果。
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33楼2011-08-17 11:25:21
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two

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
应该是个低等真菌，没横隔。毛霉或根霉。仅参考。忘了。检索是也只说大多有吧。好好再做做。
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34楼2011-08-24 11:02:14
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xhg207

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
从第二图，可见菌丝发达，且长，如果无隔，营养物质的运输是个问题。隔膜出现同培养条件相关，建议做不同培养时期的片子观察。
另一建议对片子观察获得下面的特征：菌丝分隔否,直径  。该菌有明显的分生孢子梗,直立,宽度 μm,长 μm,无色或  色,分生孢子梗分枝,由分枝产分生孢子。分生孢子无色或   色, 顶端者为  形, 成链否。然后与地丝霉属特征进行对比应该可以判断是否是地丝霉属真菌。
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35楼2011-08-24 14:28:00
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
35楼: Originally posted by xhg207 at 2011-08-24 14:28:00:
从第二图，可见菌丝发达，且长，如果无隔，营养物质的运输是个问题。隔膜出现同培养条件相关，建议做不同培养时期的片子观察。
另一建议对片子观察获得下面的特征：菌丝分隔否,直径  。该菌有明显的分生孢子梗,直 ...

请问您在真菌检索时，用的什么书籍，魏景超那本内容太少太旧了，找不到地丝霉属的内容
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36楼2011-08-30 08:23:19
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木羊易

银虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 1220608920 at 2011-07-17 11:11:54:
ITS在真菌鉴定方面是比较可靠的，只要你整个操作没有问题，结论应该是可信的

请问建发育树时，怎么选择序列呢！
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37楼2011-08-30 08:25:42
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瓶儿花

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
拍电镜能看出来的吧？仔细看看！
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38楼2011-08-31 14:24:05
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xhg207

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
从形态特征开展真菌分类的参考书：1 《半知菌属图解》2 刘波《低等真菌分类与图解》3 戴先生的《真菌的形态和分类》《中国真菌总汇》4 魏先生的《真菌鉴定手册》5康振声等《 植物病原真菌超微形态》6 周茂繁《植物病原真菌属分类图索》等！
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39楼2011-08-31 15:18:20
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mlon2007

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
第二张图貌似能看见，不过不清楚啊
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40楼2012-04-07 12:44:26
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bigdale

金虫 (著名写手)
看看孢子的形态
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42楼2012-04-17 08:59:03
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bigdale

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看看孢子的形态，另外分子可能不准确，例如测序不准确等等。。。
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43楼2012-04-17 08:59:36
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microxy

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有隔菌丝，有孢子，疑似脉孢菌，建议传个菌落照片上来。
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44楼2012-04-17 10:42:07
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xxnly

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不一定没有隔膜，可以借助棉兰或者美兰染色再观察一下
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45楼2012-04-28 19:32:34
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liusword

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我是新手。。请问你这是如何染色的？是简单的染色吗？用的是什么染色液？谢谢
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46楼2012-05-22 18:40:10
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645329775

新虫 (小有名气)
试试生理生化。
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47楼2012-05-30 00:06:52
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简单回复
woshitaiyang3楼
2011-07-16 09:48   回复  
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woshitaiyang4楼
2011-07-16 09:49   回复  
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小新a7楼
2011-07-16 09:56   回复  
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bigdale41楼
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