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木羊易

银虫 (小有名气)

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[交流] 关于真菌鉴定的问题

正在鉴定一株真菌，18s rDNA和ITS测序比对，显示和地丝霉属同源性很近，99%以上。检索地丝霉属是子囊菌门，子囊菌门应该都有隔膜的！但显微观察该菌却没有隔膜，不知该如何分类？附上图片

[ Last edited by 木羊易 on 2011-7-15 at 20:34 ]

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1楼 2011-07-15 20:27:07

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
amisking(金币+3, EPI+1): 鼓励应助 2011-07-20 20:33:54

引用回帖:

Originally posted by 木羊易 at 2011-07-20 13:42:21:
也就是说，如果不考虑ncbi上鉴定是否正确，its同源性高，还是可以认定为一个属的，可以这样认为么！如果已经发表文章的可信么！

NCBI上的序列长短不一，有的是完全包括两个间隔区，有的不是。我曾经用自己筛选得到的青霉的一条序列上去比对，发现18S和28S的区间都不好区分，这说明了两个可能性：
1、真菌的18S和28S也是有很大很大的变异性的，使得它们的基因与间隔区的界限都不清晰，这显然不可能。
2、很多科研工作者已提交到NCBI上的序列在测定的时候就已经出错，导致递交了不正确的序列，而NCBI的员工是不负责鉴定序列是否正确，只会接收而已。其实真菌的18S和28S也是没有多大变异性的，问题出在测序上。
3、在向NCBI提交序列时，序列来源的微生物是提交者自己填写的，可以写属也可以写种，但是NCBI的员工不会追究这一项数据的准确性，所以有的提交者就写了种，但是其实并没有通过更详细的手段来鉴定到种，甚至有可能是自以为是某个种就填写。以后的提交者比对上这条不准确的序列时，可能又以其为标准来鉴定自己的菌株，这就是一错百错，以讹传讹。
4、微生物的种的鉴定并不是仅依靠ITS，况且ITS存在不确定性，所以还应该以其它手段来鉴定，ITS只是辅助手段。即使是已经发表了文章的也不算，不是不可信，而是不算。