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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » DOPOLY算自扩散系数几个问题
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huanghl2010

木虫 (著名写手)

[交流] DOPOLY算自扩散系数几个问题

我在使用DOPOLY算自扩散系数，包括刚性分子模型的CO2 和柔性分子模型的烷烃。现在存在的主要问题有两个：
（1）刚性CO2的MSD随时间的图很不光滑，尤其是后半段。我算了大约10次，大多数的MSD图不光滑，有的简直无法接受。我不知道本来就是这样的，还是我在参数设置上出问题了。
（2）柔性烷烃分子只是力场文件中添加了键 键角等键常数，其他设置和CO2一样，但是OUTPUT文件和HISTORY出的数据绝大多数是NaN,我想请教各位大谢，是不是还得再其他地方设置一下啊？

感谢大家的积极讨论。
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1楼 2011-07-15 08:35:38
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
为什么没人回答问题呢。。。。
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4楼2011-07-16 16:09:10
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