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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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huanghl2010

木虫 (著名写手)


[交流] DOPOLY算自扩散系数几个问题

我在使用DOPOLY算自扩散系数,包括刚性分子模型的CO2 和柔性分子模型的烷烃。现在存在的主要问题有两个:
(1)刚性CO2的MSD随时间的图很不光滑,尤其是后半段。我算了大约10次,大多数的MSD图不光滑,有的简直无法接受。我不知道本来就是这样的,还是我在参数设置上出问题了。
(2)柔性烷烃分子只是力场文件中添加了键 键角等键常数,其他设置和CO2一样,但是OUTPUT文件和HISTORY出的数据绝大多数是NaN,我想请教各位大谢,是不是还得再其他地方设置一下啊?

感谢大家的积极讨论。
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huanghl2010

木虫 (著名写手)


为什么没人回答问题呢。。。。
4楼2011-07-16 16:09:10
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简单回复
2011-07-15 08:48   回复  
huanghl2010(金币+1):谢谢参与
zyxme3楼
2011-07-15 09:08   回复  
huanghl2010(金币+1):谢谢参与
祝福
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