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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用DS中ligandFit来做对接遇到无法定义input Binding site
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leirongjian

至尊木虫 (正式写手)

[求助] 用DS中ligandFit来做对接遇到无法定义input Binding site

用DS中ligandFit来做对接，在定义input Binding site 的时候，采用了LibDock中input site sphere 一样的步骤(即define sphere from selection),但是一直不行，请问input site sphere 和input Binding site 有什么区别？如何去定义ligandFit中的input Binding site？谢谢回答！
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珍惜有阳光、健康的时光！
1楼 2011-06-23 15:05:03
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新虫 (初入文坛)
请问楼主解决了吗？我也是这个问题。然后我把的步骤重新梳理了下，发现没有错。不知道为何

发自小木虫Android客户端
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4楼2019-09-07 17:30:12
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痴梦潇湘

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-25 10:20:41
leirongjian(金币+15): 谢谢，可以! 2011-06-27 12:52:38
选中蛋白，按以下步骤操作：
Define selected molecule as receptor
Find site from receptor cavities
找到你研究的那个site（一般第一个就是）
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2楼2011-06-24 18:59:54
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克罗米虎

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-26 22:04:06
有个小BUG，你把选中的部分（一般是配体）先剪切一下再原地复制，就可以define了
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专业的计算模拟服务：http://www.wecomput.com
3楼2011-06-26 12:34:23
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