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leirongjian

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 用DS中ligandFit来做对接遇到无法定义input Binding site

用DS中ligandFit来做对接,在定义input Binding site 的时候,采用了LibDock中input site sphere 一样的步骤(即define sphere from selection),但是一直不行,请问input site sphere 和input Binding site 有什么区别?如何去定义ligandFit中的input Binding site?谢谢回答!
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痴梦潇湘

木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-25 10:20:41
leirongjian(金币+15): 谢谢,可以! 2011-06-27 12:52:38
选中蛋白,按以下步骤操作:
Define selected molecule as receptor
Find site from receptor cavities
找到你研究的那个site(一般第一个就是)
2楼2011-06-24 18:59:54
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克罗米虎

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-26 22:04:06
有个小BUG,你把选中的部分(一般是配体)先剪切一下再原地复制,就可以define了
专业的计算模拟服务:http://www.wecomput.com
3楼2011-06-26 12:34:23
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FAD

新虫 (初入文坛)

请问楼主解决了吗?我也是这个问题。然后我把的步骤重新梳理了下,发现没有错。不知道为何

发自小木虫Android客户端
4楼2019-09-07 17:30:12
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